zjphwz 发表于 2016-7-19 14:31:34

GROMACS分子动力学模拟技术应用暑期研修班

         GROMACS分子动力学模拟技术应用暑期研修班

时间:
   2016年 7月28日---7月31日    北京
学习目标:
    本次培训本着“理论实践并重、学以致用”的目的,采用深入浅出的方法,先从分子动力学模拟的基本原理出发, 结合简单案例引导学员入门,随后紧密结合应用实例, 重点讲解力场文件的创建方法与模拟结果的分析方法,并针对模拟中存在的疑难问题进行分析讲解和专题讨论,有效提升学员解决复杂模拟建模与分析的能力, 从而更好地满足学员不同方面的科研需求. 参加此培训后学员将可以马上上手研究实际问题;
温故而知新:
   凡参加此次培训的人员,另外赠送一次学习巩固机会,本人凭有效代表证件,可再次免费参加我单位举办的《GROMACS分子动力学模拟技术应用会议》一次;代表证仅限个人使用!
有需要正式文件的欢迎致电!   
王老师:13526753778   祝好
学习大纲:
1.        分子模拟的概念及分类
2.        分子动力学的概念及分类
3.        经典分子动力学的基础知识
4.        mdp文件中涉及的相关知识
5.        GROMACS程序简介
6.        GROMACS程序入门
        • 程序的安装
        • 程序的运行
        • 辅助工具软件: Notepad2, grace, VMD, GaussView
        • 几类重要文件: gro, ndx, mdp, top, xvg
        • 运行简单模拟: He, H2O, 尿素溶液, 石墨烯, 蛋白
1.        力场的概念及分类
2.        各类不同力场的说明
3.        GROMACS支持力场
AMBER, CHARMM, GROMOS, OPLS-AA
4.        GROMACS拓扑文件: itp, top的结构以及参数说明
5.        GROMACS拓扑文件的创建
pdb2gmx, x2top, tppmktop, ATB
6.        GROMACS复杂体系的模拟
• 生物大分子: pdb2gmx
• 有机小分子: tppmktop
• 无机材料:   x2top
1.        复杂模型的构建
膜蛋白
多相体系
蛋白配体复合物
2.        GROMACS模拟结果分析
• 轨迹的处理
• 自带的分析工具
• 选择工具的使用
• 轨迹文件的编程处理
3.        膜蛋白建模
4.        多相体系建模
5.        蛋白配体复合物的处理
6.        GROMACS分析工具的综合运用
trjconv, select, engery, distance, RDF, MSD, rms
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