yhlyll 发表于 2009-4-21 19:39:00

[讨论]看看大家都用过哪些分子模拟软件 投票后跟贴有奖

只能添加十个选项,如果上面选项中没有的,大家跟贴时可以写上,如果加了软件介绍的话,会有奖励哦!

jiaheming 发表于 2009-4-22 09:45:00

<p>推荐一款软件:ChemAxon</p>
<p>这款软件是葡萄牙人所开发的,现在对教师学生等人免费<br />它可以计算分子的pka,logP,logD,Charge,极性,轨道能,分子动力学等等,大家自己去看吧,挺好的。现在可以免费下载。<br />下载地址:<a target="_blank" href="http://www.chemaxon.com/download.html">http://www.chemaxon.com/download.html</a><br />软件需要java支持。<br /></p>
<br /><br /><br />===================================================================<br />yhlyll:恭喜你获得了5个金币的奖励!<br />理由:回帖有奖!<br />

xiaojuan2109 发表于 2009-4-23 20:19:00

<p>我用XMD。学习中。谁是我的同路人啊。</p>
<p>XMD is a program for performing molecular dynamics simulation.It is designed&nbsp; for the simulation of metals and ceramics .</p>
<p>&nbsp;</p>
<br />===================================================================<br />yhlyll:恭喜你获得了5个金币的奖励!<br />理由:谢谢参与,新开版面回帖有奖!

hnnew 发表于 2009-5-1 15:12:00

<p>推荐2个程序Gaussian03,VASP</p>
<p>&nbsp;</p>

ydp1984 发表于 2009-5-26 00:23:00

<p>hyperchem</p>

yangjinrong 发表于 2009-5-28 20:03:00

<p>推荐ATK!!</p>

xianjinxu 发表于 2009-5-29 13:40:00

我们实验室主要做蛋白模拟的,gromacs,NAMD,amber都有用到的

attosecond 发表于 2009-7-5 11:14:00

我只用过gaussian, 想自己写一些基本的密度泛函程序。有兴趣的可以一起讨论。

kai124503 发表于 2009-7-12 16:22:00

lammps真的功能很强大啊

aylayl08 发表于 2009-8-27 18:52:00

用MS软件

dcc01 发表于 2009-9-10 09:35:00

<p>hyperchem</p>
<p><strong>HyperChem </strong>优秀的分子模拟与教学软件</p>
<p>Hyperchem是一款以质量高,灵活易操作而闻名的分子模拟软件。通过3D对量子化学计算,分子力学及动力学进行模拟。Hyperchem为您提供比其它Windows软件更多的模拟工具: 图形界面,半经验计算方法(AM1,PM3等),UHF,RHF和CI,7.0版新增加的密度泛函。可进行单点能,几何优化,分子轨道分析,蒙特卡罗和分子力学计算,预测可见-紫外光谱。</p>
<p class="zi" align="left"><strong>功能</strong></p>
<p class="zi" align="left">1. 结构输入和对分子操作。<br />2. 显示分子。<br />3. 化学计算。用量子化学或经典势能曲面方法,进行单点、几何优化和过渡态寻找计算。可以进行的计算类型有:单点能,几何优化,计算振动频率得到简正模式,过渡态寻找,分子动力学模拟,Langevin动力学模拟,Metropolis Monte Carlo模拟。支持的计算方法有:从头计算,半经验方法,分子力学,混合计算等。 <br />4. 可以用来研究的分子特性有:同位素的相对稳定性,生成热,活化能,原子电荷,HOMO-LUMO能隙,电离势,电子亲和力,偶极矩,电子能级,MP2电子相关能,CI激发态能量,过渡态结构和能量,非键相互作用能,UV-VIS吸收谱,IR吸收谱,同位素对振动的影响,对结构特性的碰撞影响,团簇的稳定性。<br />5. 支持用户定制的外部程序。<br />6. 其它模块:RAYTRACE模块,RMS Fit,SEQUENCE编辑器,晶体构造器糖类构造器,构像搜寻,QSAR特性,脚本编辑器。<br />7. 新的力场方法:Amber 2,Amber 3,用于糖类的Amber,Amber 94,Amber 96。<br />8. ESR谱。<br />9. 电极化率。<br />10. 二维和三维势能图。<br />11. 蛋白质设计。<br />12. 电场。<br />13. 梯度的图形显示。<br />14. 新增功能:密度泛函理论(DFT)计算,NMR模拟,数据库,Charmm蛋白质模拟,半经验方法TNDO,磁场中分子计算,激发态几何优化,MP2相关结构优化,新的芳香环图,交互式参数控制,增强的聚合物构造功能,新增基组。</p>

ronehwa 发表于 2009-10-27 14:47:00

Spartan 很好用.

kelly612 发表于 2009-12-15 20:44:00

moldy      
   Moldy is a general-purpose molecular dynamics simulation program. It is sufficiently flexible that it ought to be useful for a wide range of simulation calculations of atomic, ionic and molecular systems.
   The system is specified at run time with a description file so there is no need to recompile when changing systems. The program handles much more of the bookkeeping than is traditionally done, keeping track of consistency of parameters, restart files, output trajectories and so forth. Sizing of arrays limits are all handled automatically.

wangrenxiao 发表于 2010-1-15 20:25:00

我用Discovery Studio, SYBYL, Schrodinger, MOE, Gaussian, GOLD, AMBER, CHARMm, GROMACS, 其他小程序就不提了。

shiyunxiong 发表于 2010-1-22 14:49:00

materials explorer
这款软件可以在windows下面运行,功能比较强大,可进行分子动力学模拟和蒙特卡洛模拟

ting1986 发表于 2010-3-7 10:08:00

推荐InsightII,做蛋白质方面很强大

river1867 发表于 2010-3-14 08:43:00

sybyl   做qsar和surflex docking

wangwenju 发表于 2010-3-14 09:35:00

我用gaussian
很好用

river1867 发表于 2010-3-21 22:16:00

MOE   autodock

kingdown 发表于 2010-3-22 19:40:00

主要做GPCR 用Gromacs Amber
对接用AutoDock
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