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报告:《从序列到分化时间——进化树与分子钟》

已有 16756 次阅读 2010-3-26 15:34 |个人分类:科研笔记|系统分类:科研笔记| 分子进化, 进化树, 序列, 分化时间, 系统树

这是2010年1月,本人在研究组所做的报告之一,内容为依据DNA序列构建进化树的原理与方法,并依据进化树进行分子钟估算。
包括:
1.在GenBank上下载DNA序列
2.在ClustalX中进行DNA序列比对,及其注意事项
3.DNA 碱基替换模型及其筛选,ModelTest软件的原理
4.进化树的构建的原理
介绍了距离法,极大似然法,最大简约法和贝叶斯法的原理,及其实现软件PAUP*, PHYLIP, MrBayes
5.进化树分枝节点的可信度评估,即Bootstrap方法的原理和实现
6.分子钟假设检验及NPRS平滑方法在r8s软件中的实现。
共有幻灯片101张。
现整理出来,供对进化分析有兴趣的老师和同学参考。
如果有任何问题或建议,欢迎随时与本人联系,

我的邮箱是 jinlongzhang01@gmail.com 

下载 报告幻灯片  从DNA序列到分化时间——进化树与分子钟 .pdf  (1.0M)

 







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