写在前面

上回说过，TAM 2.0专注于人类miRNA的富集分析，有没有工具能够做多个物种miRNA富集分析呢？当然是有的，今天就介绍一款多个物种的在线miRNA富集分析工具miEAA（https://ccb-compute2.cs.uni-saarland.de/mieaa2/）。 

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miEAA历史

miEAA（图1）是一款能够支持包括人类在内的10个物种miRNA富集分析在线工具，2016年第一版本，2020年第二版本问世。miEAA第二版本相对于第一版本其数据量有所增加，实用功能方面也改进不少。所以，使用miEAA进行miRNA富集分析的时候，直接考虑miEAA 2.0即可。

图1 miEAA主页

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miEAA 2.0能做什么？

miEAA不仅能够做成熟miRNA（mature miRNA）的富集分析，而且还能够做miRNA前体（miRNA precursor）的富集分析。主要能够根据给定miRNA集，富集的表型有基因本体（Gene Oncology，简称GO，http://geneontology.org/）、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，https://www.kegg.jp/）信号通路、exRNA形成（exRNA forms）、染色体位置（chromosomal location）、保守性、种子家族、靶基因、疾病过程、药物和组织表达等。另外，还提供miRNA不同miRBase版本名称相互转换，成熟miRNA与miRNA前体相互转换功能。这里需要说明的是，miRNA与表型的关系数据有直接和间接数据两种。其他基本的Web server功能，例如，可视化、下载等都能提供。Enjoy it！

后话

目前为止，我们已经介绍了三款miRNA富集分析在线工具：miRPath，TAM和miEAA。与miRPath功能非常类似的还有miR+Pathway（http://www.insect-genome.com/miR-pathway），这里就不单独介绍了，感兴趣可以自行查看一下。这些工具都是在线工具，存在的一个重要问题是数据库更新问题。那么，有没有一种工具能够实时抓取最新数据库来做miRNA富集分析呢？下回见！

参考链接：

[1] Backes C, Khaleeq QT, Meese E, Keller A. miEAA: microRNA enrichment analysis and annotation. Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W110-6. doi: 10.1093/nar/gkw345.

[2] Kern F, Fehlmann T, Solomon J, Schwed L, Grammes N, Backes C, Van Keuren-Jensen K, Craig DW, Meese E, Keller A. miEAA 2.0: integrating multi-species microRNA enrichment analysis and workflow management systems. Nucleic Acids Res. 2020 Jul 2;48(W1):W521-W528. doi: 10.1093/nar/gkaa309.

更多背景知识如下：

1. ​miRNA是何方神圣？

2. ​What？植物miRNA能够调控动物靶基因？

3. miRNA也走非主流路线！

4. Tools4miRs：只为miRNA分析

5. miRNA序列与表达谱数据库

6. miRNA有个DIANA系列

7. miRNA富集分析之miRPath

8. miRNA富集分析之TAM

号外，ceRNA可是miRNA介导的哦。为了便于交流，我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志（ 2020_IF = 5.246）整了个专刊，主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接：https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。