博文
miRNA相关数据库
||
miRNA预测相关数据库
程序名 | 发布于 | 预测目标 | 适用方式 | 算法 | 输入序列格式 | 适用长度 | 涉及的程序 | 适用于 |
miRscan | 2003 | Pre-miRNA | Web | N | 两物种比对序列 | <100bp | Blast | 线虫 |
miRseeker | 2003 | Pre-miRNA | Local | N | — | — | Mfold、AVID、Blast | 果蝇 |
ERPIN | 2001 | Pre-miRNA | Local/Web | — | Fasta序列 | — | Blast | 动植物 |
Srnaloop | 2003 | Pre-miRNA | Local | N | Fasta序列 | — | RepeatMasker、Blast、RNAfold | 线虫 |
MIRFINDER | 2004 | Pre-miRNA | Local | SVM | 两物种比对序列 | — | RNAfold、RepeatMasker、PatScan、RNAVIZ | 植物 |
PalGrade | 2005 | Pre-miRNA | Local | SVM | 基因组序列 | — | RNAfold | 人 |
MiRAlign | 2005 | Pre-miRNA | Web | N | Fasta序列 | 50-300bp | RNAfold、ClustalW、RNAforester | 动植物 |
microHARVESTER | 2005 | Pre-miRNA & miRNA | Web | N | pre-miRNA、miRNA | <450bp | RNAfold、Blast、T-Coffee | 植物 |
findMiRNA | 2005 | Pre-miRNA & miRNA | Local | N | Fasta序列 | — | RNAfold、Blast、mfold | 拟南芥 |
miR-abela | 2005 | Pre-miRNA | Web | SVM | Fasta序列 | <1000bp | RNAfold、SVMlight | 动物 |
BayesMiRNAfind | 2006 | Pre-miRNA & miRNA | Web | NBS | Fasta序列 | <500Kbp | Mfold、BLAT | 动物 |
ProMiRⅡ | 2006 | Pre-miRNA & miRNA | Local/Web | HMM | 序列（只包含A、G和C，T或U） | 70-150bp | RNAfold、Blast、pipeline vist、HMmiRNApairwise | 动物 |
Vmir | 2006 | Pre-miRNA | Local | — | 基因组序列 | <2Mbp | RNAfold、mFold | 病毒 |
RNAz+RNAmicro | 2006 | Pre-miRNA | Local | SVM | 多物种比对序列 | <400bp | RNAz、libSVM | 动物 |
Microprocessor SVM | 2006 | Drosha剪切位点 | Local/Web | SVM | Fasta序列 | <180bp | RNAfold、ScorePin、 Gist SVM | 动物 |
miRNA靶基因预测软件
靶序列预测程序 | 适用物种 | 相关网站 |
EMBL miRtarget prediction | 果蝇 | http://www.russell.embl-heidelberg.de/miRNAs |
miRanda | 果蝇，脊椎动物 | http://microrna.org/miranda.html |
PicTar | 脊椎动物，果蝇 | http://pictar.bio.nyu.edu |
TargetScan,TargetScanS | 脊椎动物 | http://genes.mit.edu/targetscan |
RNA hybrid | 果蝇 | http://www.techfak.uni-bielefeld.de/persons/marc/mirna/targets |
ViTa | 病毒 | http://vita.mbc.nctu.edu.tv |
miTargert | 动物 | http://cbit.snu.ac.kr/~miTarget |
MovingTarget | 果蝇 | —— |
MiRTif | 动物 | http://mirtif.bii.a-star.edu.sg |
miRacle | 动物 | http://miracle.igib.res.in/miracle |
PatScan | 植物 | Rhoades et al. （2002） |
microTar | 动物 | http://tiger.dbs.nus.edu.sg/microTar |
EIMMo | 人，果蝇，线虫，斑马鱼 | http://www.mirz.unibas.ch/ElMMo |
miRU | 植物 | http://bioinfo3.noble.org/miRNA/miRU.html |
DIANA-MicroT | 人，鼠 | http://diana.pcbi.upenn.edu/DIANA-microT |
RNA22 | 动物 | http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html |
MicroInspector | 动植物、病毒 | http://mirna.imbb.forth.gr/microinspector |
验证的靶基因数据库
mirBase | http://www.microrna.sanger.ac.uk/targets/v2 |
TarBase | http://www.diana.pcbi.upenn.edu/tarbase.html |
Argonaute | http://www.rna.uni-heidelberg.de/apps/zmf/argonaute/interface |
miRNAMAP | http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw |
miRGen | http://www.diana.pcbi.upenn.edu/cgi-bin/miRGen/v3/Targets.cgi |
https://blog.sciencenet.cn/blog-105435-1161003.html
上一篇：不要忘了在后面默默准备的人！
下一篇：引物设计相关网站
