sam文件小知识：正负链reads在sam文件中的序列信息 2020-03-10

Sam文件的第二列： FLAG：0正链，16负链，4没比对上 如果一个read mapping到正链上，sam文件第十列所展示的是这个read的序列。而如果一个read mapping到负 ...

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0_based and 1_based (Sam file, Bam file and Bed file) 2019-04-11

0_based numbering: the initial element of a sequence is assigned the index 0; 1_based numbering: the initial element of a sequence is assigned t ...

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Ensembl/Gencode数据库中基因注释统计 2018-12-18

现在基因组非编码区域的注释条数越来越多，那么究竟注释了多少非编码基因，多少假基因呢？ 这里仅以Gencode数据库中人类和老鼠的最新注释为例。在老鼠的注释信 ...

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利用liftOver进行不同版本的坐标转换 2018-12-15

Here I want to show how to convert coordinates from mm10 to mm9 based on command line.  And you also can do this using the web interface at htt ...

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[转载]CDS, Exon, intron, utr的定义 2018-12-15

参考连接： ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/doc/FT_current.html CDS: coding sequence; sequence of nucleotides&nb ...

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虚拟机Ubuntu中添加硬盘 2018-12-13

最近换了新电脑，所以重新安装了虚拟机。我用的是Oracle的虚拟机。在里面安装了ubuntu18.10 1 通过设置添加新的硬盘 2 进入ubuntu系统检查硬盘情况 命 ...

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上传NGS数据到GEO 2018-12-04

以下信息都是基于个人最近一年的经验。GEO网站可能会更新，具体信息可以登录GEO官网查看。 上传数据官网： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/sub ...

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