以下信息都是基于个人最近一年的经验。GEO网站可能会更新，具体信息可以登录GEO官网查看。

上传数据官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/submission.html

1 注册账号

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/?back_url=/geo/submitter/

2 文件准备：上传的文件包含三部分（一个Excel表格，处理的数据文件，原始数据）

详情请根据以下网站https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/seq.html

第一部分是一个Excel表格（a metadata spreadsheet）里面有本次课题的基本信息，所有文件信息。按要求填好。metadata spreadsheet的模板可以从以下链接下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/examples/seq_template_v2.1.xls

第二个部分是processed data files. 包含完整的表达谱（行基因，列样本，值可以是标准化后的也可以是原始的read count），peak信息文件（bed, txt），可视化文件(bigwig, WIG, bedGraph)等. 我一般会准备一个表达谱（RNA-seq）或者bigwig和peak文件（ChIP-Seq）

第三部分是原始数据，对于NGS数据而言就是原始的fastq文件。但是这里GEO强烈建议上传压缩的文件。我一般都是压缩为.gz文件

将准备好的三部分文件全部放到以你账号名相同的文件夹中。例如你的账号名为“zhangsan”,你就需要创建一个文件夹名字为“zhangsan”, 然后将所有文件放到这个文件夹中。

3 上传文件（这里仅以FTP为例）

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/submissionftp.html#creds

我用FileZilla登录GEO （host, ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov; username, geo; password, ******）。具体账号信息网页上会有。

登录上GEO后直接将上面的文件拖拽到GEO，如下图所示

4 通知GEO你已经上传完文件。

   https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submission/

我每次都是通过两种方式通知GEO。第一种方式是通过以上链接，第二种方式是通过email （geo@ncbi.nlm.nih.gov）.

 Email 内容如下：

5 等候GEO的回信。我一般在两天内收到回信，里面会给你一个GSE号

6 文章接收后就可以登录GEO修改数据状态，release你的数据