Sam文件的第二列：

FLAG：0正链，16负链，4没比对上

如果一个read mapping到正链上，sam文件第十列所展示的是这个read的序列。而如果一个read mapping到负链上，sam文件第十列所展示的是这个read的反向互补序列。

下面展示的是sam文件的两行（前10列）：

K00315:238:HF3Y3BBXY:2:1211:29031:44728 0 chr10 360997 42 50M * 0 0 TGGTTGGAAGCTGGGGCCCCGGGGCAGGGGACGTCTGCTAAGCTGCGTAT

K00315:238:HF3Y3BBXY:2:2215:31142:22221 16 chr10 361681 40 50M * 0 0 CCATTATAAATCTTCATACTACAGAAACAGCCTGGGCAGAGCAACTGCCT

第一行第二列值为0， 意味着这行的read mapping到基因组的正链上。直接在原始fastq中搜索序列“TGGTTGGAAGCTGGGGCCCCGGGGCAGGGGACGTCTGCTAAGCTGCGTAT”，可以找到这个read

第二行第二列值为16， 意味着这行的read mapping到基因组的负链上。直接在原始fastq中搜索序列“CCATTATAAATCTTCATACTACAGAAACAGCCTGGGCAGAGCAACTGCCT”，找不到这个read. 它反向互补序列“AGGCAGTTGCTCTGCCCAGGCTGTTTCTGTAGTATGAAGATTTATAATGG”可以在原始fastq文件中被搜索到。