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[重磅推荐]免费版的动植物遗传评估软件Echidna

已有 2922 次阅读 2019-12-25 13:36 |个人分类:Echidna|系统分类:科研笔记

关于Echidna软件

Echidna(https://www.echidnamms.org/)由ASReml软件原开发者Arthur Gilmour开发,其功能接近于ASReml,但对于非商业使用者是免费的。注意:国内网无法直接注册和下载。


Echidna Mixed Models Software. Developed free for non-commercial use. Echidna performs statistical analysis by fitting linear mixed models utilising the Average Information algorithm to estimate variance parameters. Echidna is targeted for use in animal and plant breeding contexts.

Echidna is targeted for use in animal and plant breeding contexts.


Echidna软件用法也跟ASReml非常相似,对于ASReml用户,使用Echidna的难度会较小。

如果读者对Echidna软件感兴趣,建议购买本人主译的《动植物育种遗传数据分析》(科学出版社,2019年9月)作为参考书。


简单示例:

无标题.png

运行后,生成的结果文件如下:

无标题.png

其中,.esr文件是主输出文件,.ess文件是解文件(固定效应和随机效应的解),.esy是预测值和残差值的文件,.epv是预测结果文件,.evp是方差参数计算结果文件,.etb是制表结果文件,.R文件是用于R语言读取部分结果的文件。

.esr文件

无标题.png

.ess文件

无标题.png

.esy文件

无标题.png

.epv文件

无标题.png

.evp文件

无标题.png

.etb文件

无标题.png

.R文件

无标题.png

为了便于我的使用习惯,我采用自编函数读取上述R结果文件,结果如下:

无标题.png

无标题.png



https://blog.sciencenet.cn/blog-1114360-1211431.html

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