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qPCR引物序列查询数据库

已有 44324 次阅读 2018-1-9 23:36 |个人分类:【数据库】|系统分类:科研笔记

荧光定量PCR是我们检测RNA表达最常见的实验室四大技术之一,其中引物序列的设计是大家常常遇到的问题,今天我们来介绍几个常用的查询PCR引物序列的数据库。
1. Primerbank:
https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/


这个使用起来比较简单,物种只有人和小鼠两个,可以直接根据基因名进行查询:


也可以根据转录本ID号进行查询:



2. GETPrime 2.0:
http://bbcftools.epfl.ch/getprime

前面介绍的Primerbank比较简单,对于一些不常见的lncRNA有可能查询不到,比如这个lncRNA:
CTD-2021A8.3

而这个GETPrime 2.0则可以直接查询,而且可以查询多个基因,我们先看CTD-2021A8.3的查询结果,在搜索框输入CTD-2021A8.3:

结果:

不仅可以看到rank和引物序列,还可以单击detail查看:

不仅给出引物序列,还包括了在此中间snp的信息。

当然,这个数据库还可以查询多个基因的序列,比如:

查询结果:

这个数据库非常好用,大家可以尝试。

3. qPrimerDB:
http://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb/


最后这个qPrimerDb收录的物种有147个,也就是说如果你做真菌、植物、鱼、昆虫、鸟等物种也可以使用这个数据库,大家可以直接根据转录本编号、物种进行查询:ENST00000000233.9:

也可以下载收录的所有信息,比如拟南芥中基因的引物信息:

好了,前面的几个数据库我们就介绍到这里,一般的简单查询功能都可以满足了,那几个数据库都查不到的怎么办呢?其实就像我们学作图一样,各种软件和网站可能都能实验,但是要做出自己满意的图片来还是要用代码做,而引物设计的道理也是这样,再说用Primer Premier 等工具设计还是很容易的。——穷则变,变则通,通则久。

(本文转自:小张聊科研)



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