科学网—syfox的留言板

IP: 159.226.249.* [19]孙岳 2019-10-1 16:32

1. 齐断头，定位
2. 调方向，定向
3. 定向用ccsA兽头序列TAGAACATATATTAACTCA为正向
4.

我的回复(2020-5-16 08:46)：岳ATGATATTTGCCACTT

IP: 210.76.193.* [18]孙岳 2015-4-11 16:55

叶绿体基因组数据库：
http://chloroplast.ocean.washington.edu/tools/cpbase/run
http://chloroplast.cbio.psu.edu/organism.cgi
http://megasun.bch.umontreal.ca/ogmp/projects/other/cp_list.html

我的回复(2015-4-11 17:10)：f="http://www.herbalgenomics.org/0506/cpgavas/analyzer/home" target="_blank">http://www.herbalgenomics.org/0506/cpgavas/analyzer/home
http://ogdraw.mpimp-golm.mpg.de/cgi-bin/ogdraw.pl
For mapping

IP: 210.76.192.* [17]孙岳 2015-3-21 15:08

基于google earth进行批量标记方法百度文库有详解

IP: 106.38.210.* [16]孙岳 2015-2-25 20:54

植物图像库
http://www.cfh.ac.cn/
http://www.plantphoto.cn

IP: 210.72.93.* [15]孙岳 2014-11-2 20:55

如果你的序列里面有gaps，那么你是否设置了gaps symbols（也就是问号、空格之类的），序列里面如果有gaps就要用那些符号代替。发现gaps并用这些符号代替的目的是为了保证不同序列长度的一致。
如果你没有设置gaps，也就是说，序列有长有短。当你选择了Pairwise Deletion的时候，根据其原理，都有某个碱基缺失的序列和没有该碱基位点缺失的序列在计算时会被分为两组，也就是你的分析里模型参数要根据不同的数据集进行估计，这样很容易出现算不下去的问题。
由于不知道你的数据集到底是如何处理的，你检查下我上面说的看看，首先要设置gaps符号，最后校对下gaps的使序列有同样的长度，毕竟我们的序列往往都是测序中出现的，一般数目很少。然后不用选Pairwise Deletion。

IP: 58.254.92.* [14]贾贤 2014-8-22 00:50

您好，请教个问题，我现在做密码子分析，用codon W分析后却被警告有几个序列含有internal stop codon，还有有几个序列含有none translatable codon，我就很诧异，因为我的序列是从NCBI的蛋白CDS下载的，那里都能编码出来，怎么到了软件就没有了呢？是不是软件还要什么设置？

我的回复(2014-11-2 10:09)：下载下来的序列要先用翻译软件校对一下，很多序列都是有问题的，现在clear和筛选之后再用！

IP: 58.254.92.* [13]贾贤 2014-7-8 16:11

头像是楠木吗？至少是樟科植物吧

我的回复(2014-7-15 21:44)：是的，慧眼呀！

IP: 210.72.93.* [12]孙岳 2014-2-26 17:28

全球植物名录：http://www.theplantlist.org/browse/A/Lauraceae/

IP: 159.226.89.* [11]孙岳 2014-1-22 21:54

算各种树的服务器版：http://www.phylo.org/portal2/login!input.action

IP: 210.72.93.* [10]孙岳 2014-1-1 12:11

序列在线比对：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/
序列在线格式转换：http://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/readseq/

IP: 210.72.93.* [9]孙岳 2014-1-1 11:59

ML tree: http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/

IP: 210.72.93.* [8]孙岳 2013-12-30 21:21

叶绿体基因组数据库：http://chloroplast.ocean.washington.edu/tools/cpbase/run
08月31日 17:32 通过网页赞  | 转发  | 评论 | 收藏
FASTA序列比对：http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_www.cgi?rm=select&pgm=fap
08月29日 22:05 通过网页赞  | 转发  | 评论 | 收藏
基因结构画图：http://gsds.cbi.pku.edu.cn/
08月18日 15:52 通过网页赞  | 转发  | 评论 | 收藏
序列反向调换：http://www.bio-soft.net/sms/index.html
08月18日 15:47 通过网页删除  | 置顶  | 赞  | 转发  | 评论 | 收藏
序列在线比对：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/

IP: 159.226.69.* [7]孙岳 2013-11-1 12:45

一些物种有可能会存在一种内在的机制，偏向删除大量的非编码DNA；而另一些物种则存在一种相反的内在机制，偏向插入和复制DNA。这些偏向并非是由于一种行为方式比另一种更有益，而是两种固有的方式均起作用，所有的生物只是在不同程度上利用它们。生物体在这一浮动计算尺上所占据的位置，部分取决于达尔文自然选择压力能够对抗或增进这些内在偏倚的程度。

IP: 159.226.69.* [6]孙岳 2013-11-1 12:42

如果在复杂系统中重复使用同样的终止子序列，这些元件就会因为同源重组而消失。

IP: 182.242.202.* [4]yiyeyilin 2012-11-18 20:58

你现还在中科院（昆明动物所）嘛？

我的回复(2012-11-23 21:00)：您是哪位？

IP: 221.226.47.* [3]wangwei1234 2012-1-13 22:19

IP: 221.6.29.* [2]张丽丽 2011-9-2 09:37

你好，我对您转载的一篇文章比较感兴趣，题名为《CodonW等程序分析***基因的密码子使用偏性》，我想请教您这篇文章中的一个问题，在如何分析密码子使用偏性中的一个网址，http://genopole.toulouse.inra.fr/bioinfo/emboss ，为何我打不开？谢谢你。

我的回复(2011-9-2 19:22)：因为那个网站更换域名了，现在可以在线使用cusp很简单，贴进去就好
http://emboss.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/cusp

IP: 1.202.87.* [1]孙岳 2011-6-11 06:06

Don't pray for easy lives, Pray to be stronger men.

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