赖江山的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/laijiangshan 生态、统计与R语言

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[104]丁艳宏   2021-10-26 20:28
赖老师,您好,最近刚发现您讲的“用rdacca.hp包获取典范分析中单个解释变量的解释率”,很渴望有机会学习,很遗憾已经错过了时间,请问有录屏吗?是否能付费学习一下,万分感谢
[103]张少君   2021-9-7 21:54
赖老师,您好!请问在R中怎么下载rdaTest包?
[102]赵春桥   2021-7-18 09:17
赖老师,您好,之前在培训班上安装的R一直用到现在都挺好的,但最近总是出故障,一些很常见的包也安装不了,然后我就卸载重新安装了一下,更不好用了,总是报错。麻烦您具体说一下当时安装R语言的详细过程好吗,我记得当时好像还需要拷贝一个文件进行替换,但时间太久,的确记不太清楚了。谢谢
我的回复(2021-8-7 22:15):我是直接覆盖library, 把我的电脑的包全部拷给您。如果提示哪个包没有,你就直接安装哪个包就好了。
[101]张翔   2021-7-13 09:17
赖老师,您好:
      您好,我用您的《数量生态学》学习了β多样性用Sorensen指数来计算替换、嵌套和相异性指数,而现在想跟环境因子的数据做相关分析,想请教一下赖老师,是用什么方法比较合适呢?我的数据集用的是多度数据,列为物种名,行为样线,分了物种不同类型。但是最近我在做db-rda时候,想对几个类型数据在最后出的图中进行区分,但是不管怎么试就是不能将类型区别出来,想请教一下赖老师,是我的方法不对么?不应该用db-rda么?这个问题卡了好久了,期待得到您的回复和解答
我的回复(2021-8-7 22:17):分类型,要直接主坐标分析,不能用dbrda
[100]罗植森   2021-7-12 19:50
赖老师,您好:
      您的“用R直接从全球生物多样性信息网络(GBIF)获取物种地理分布数据”我用过后,发现里面的数据只是Occurrence cells used for creating environmental envelope的数据,有没有能使用Map data (HSPEC) for predicted occurrences这个数据的?因为我想看这个物种在中国海域哪些海域有分布。
       期待您的回复。
我的回复(2021-8-7 22:18):不了解这个结果。
[99]赵春桥   2021-7-8 14:34
赖老师,您好。我之前上过您的R语言培训班,现在在数据分析过程中有个问题想请教您一下。在做RDA分析之前我进行了方差膨胀因子分析,发现有很多变量VIF值远大于10,11个因子中最后只剩余5个因子,其中好多变化极为显著的因子都不满足条件,这种情况下我可否不根据方差膨胀因子去掉不满足的指标,而全部放进去直接进行分析。还有这样发表论文的话,审稿人会不会指出这个问题?或者说这样来操作根本就是错误的啊?
我的回复(2021-8-7 22:18):共线性不一定要解除。
[98]俞鸿千   2021-5-6 16:29
赖老师,您好!
    最近在学习《数量生态学(第二版)》中第四章4.11指示物种的内容,以下代码内容有疑问,向您请教。

“#聚类簇的分割和编号
dfsD1.kmeans$cluster
#这个组号具有随机性,为了避免混淆,我们构建一个连续的编号给找个分组向量
grps <- rep(1:4, c(8,10,6,5))"

    首先,环境数据集env有30个变量,计算后分为四组,提取dfsD1.kmeans中cluster数据可以看到四个组别中具体包含哪些变量,其中按照顺序第一组包含9个变量,第二组包含10个变量,第三组包含6个变量,第四组包含5个变量。
    然后,在构造连续组号grps的时候,c(8,10,6,5)的第一组是8个变量,不知是否应该是c(9,10,6,5),向您请教,期待您的回复。
我的回复(2021-6-2 22:18):8个变量,为什么要变为9呢?c(8,10,6,5)是没错的
我的回复(2021-5-12 08:59):什么问题呢?
[97]王子龙   2021-4-15 20:08
赖老师您好 ,我现在做生物因子和非生物因子对生物量的一个影响值的重要性排序,用到了R里的随机森林模型,但做出来的R2很小,要是筛掉几个因子,R2会是0.1左右,不筛选,全部放进去的话,R2还可能出现负值,我想保留全部因子,用随机森林结果中出现的IncNodePurity值,给因子做一个排序,不管R2,您看可以吗
我的回复(2021-6-2 22:13):没问题
我的回复(2021-4-21 09:29):没问题的
我的回复(2021-4-20 08:51):随机森林的R2的很不靠谱,不要用。
[96]习丹   2021-4-10 20:45
赖老师您好!请问RDA分析中anova(sp.rda1, by = "term") 与envfit(sp.rda1, env, permu=999) 两者能否解释环境变量对物种组成的影响度?
我的回复(2021-6-2 22:14):这些都跟输入的变量顺序有关,极不靠谱。请用我的包rdacca.hp进行变量的重要性排序
我的回复(2021-4-20 08:51):不能,都跟位置有关。还是用我的rdacca.hp
我的回复(2021-4-14 08:32):请用我的rdacca.hp包就可以回答
[95]李颖   2021-4-10 19:11
赖老师您好!请问一下《数量生态学》第二版里面的数据集在哪里可以下载到?您的博客里面下载不了。。非常感谢!
我的回复(2021-4-14 08:35):链接: https://pan.baidu.com/s/1fs875BSxqzauTWDWM65fpQ 提取码: tq8x
[94]袁荣珍   2021-4-5 20:14
赖老师,您好。打扰您一下。我想请教您一个问题。通过Canoco5进行RDA分析结果显示Explained variation和Explained fitted variation的轴载荷信息量。您有空时能否解答一下两者的区别和使用。谢谢您啦!
我的回复(2021-6-2 22:21):Explained variation是R2,Explained fitted variation 是占R2的比例
[93]李莉   2021-1-10 14:43
赖老师:
       您好!我想用Phyloclim包的anc.clim函数对祖先气候适应性进行重建,我在学习这个包的时候,发现其原始数据PNO中,每个环境因子都有一个叫做“variable ”的变量,我目前不知道这个变量是如何获得的,可以拜托您指导一下吗?万分感谢!

####我的数据
> head(clim)
   HMC  HFC  LFC
1 4027 4027 4027
2 4356 4356 4356
3 4541 4541 4541
4 4797 4797 4797
5 4784 4784 4784
6 4901 4901 4901
> tr

Phylogenetic tree with 3 tips and 2 internal nodes.

Tip labels:
  HFC, HMC, LFC

Rooted; includes branch lengths.
> ac1 <- anc.clim(target = tr, pno = clim, n = 100)
Error in data.frame(x) : row names contain missing values
此外: Warning messages:
1: In FUN(newX[, i], ...) :
  the names of 'x' and the tip labels of the tree do not match: the former were ignored in the analysis.
2: In Initialize.corPhyl(corStruct, data.frame(x)) :
  No covariate specified, species will be taken as ordered in the data frame. To avoid this message, specify a covariate containing the species names with the 'form' argument.

####软件包的test数据
> tree

Phylogenetic tree with 5 tips and 4 internal nodes.

Tip labels:
  adenophylla, arenaria, laciniata, enneaphylla, loricata

Rooted; includes branch lengths.


> clim1 <- PNO$PrecipitationWarmestQuarter
> head(clim1)
   variable adenophylla   arenaria  enneaphylla   laciniata    loricata
1   0.00000  0.02225193 0.39616046 0.0004981347 0.005570378 0.002770169
2  38.44898  0.56936564 0.28548473 0.0483867934 0.090354572 0.327931308
3  76.89796  0.20232050 0.19529811 0.0630264096 0.363138573 0.142187408
4 115.34694  0.10365486 0.08120637 0.0266872031 0.167960728 0.088057939
5 153.79592  0.06196568 0.02861484 0.0256178105 0.148677108 0.075511689
6 192.24490  0.02866730 0.01053544 0.0328056103 0.057139103 0.063873678
> ac <- anc.clim(target = tree, pno = clim1, n = 100)
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
[92]高瑜   2020-12-21 15:52
赖老师您好!
想请教您一个关于R语言Biomod2包的问题,我在运行模型的全部十个物种分布模型时,其他模型都很顺利,但MARS模型总是报错,尝试了很多解决办法都没有用,老师知道可能是什么原因吗?报错如下:
Model=Multiple Adaptive Regression Splines ( simple with no interaction )
Error in validObject(.Object) :
  invalid class “MARS_biomod2_model” object: FALSE
期待老师的回复!
我的回复(2020-12-27 08:55):我也不清楚,请参考帮助函数看看
[91]夏杭   2020-12-11 20:30
您好,老师,想学习一下您关于树木邻体竞争指数的代码,但下载不了,您能抽空给一下吗?
[90]曹洋   2020-11-26 20:02
赖老师 您好!我在做RDA分析时“第一轴和第二轴的解释变量分别为86.47%和13.53%,累计解释量为100.00%”,我对这个100%比较疑惑,因为其他人论文里没见过前两轴100%,请问赖老师这个结果是对的吗?
我的回复(2020-12-27 08:56):样本量不够
我的回复(2020-12-2 08:17):样本量不够
[89]张林   2020-11-22 22:47
赖老师您好,“从样方记录数据到生物多样性指数计算”中的代码和文件能再分享一下吗,谢谢。
[88]申源   2020-10-21 16:23
赖老师,您好,我想问一下,使用代码搜索gbif物种分布数据的时候,可以直接获取中国的分布数据吗?我目前使用的是获取这个物种的全球分布记录后,再筛选中国部分的,还有就是是否可以创建循环语句,搜索一个Excel的所记录的名单呢?
我的回复(2020-10-23 07:26):可以下载下来用循环筛选,可以跟我联系,QQ 185756911
[87]江晓亮   2020-9-12 15:44
赖老师,您好!
看在您的第二版译著《数量生态学》,里面有个包“gclus”的一个用于可视化相异性矩阵的函数‘coldiss’好像没有,是这个函数被删了吗?
我的回复(2020-10-23 07:26):这是个自编函数,全部下载的数据集里面有。
我的回复(2020-9-17 22:09):有啊,在数据集中都有。
[86]王凯   2020-8-17 17:52
老师,您好。
我在用vegan包里rda做偏rda的时候,有一个解释变量的典范系数是NA。但是在变量向前选择时,这个环境变量又有了典范系数,请教一下老师这个是什么原因呢。
我的回复(2020-10-23 07:47):也可能是样本量问题,也可以是高度相关的问题。
我的回复(2020-9-17 22:09):根据你的信息无法判断
我的回复(2020-8-30 10:07):不太清楚
[85]卿艳霞   2020-8-17 14:31
赖老师,您好!我是一名R语言学习者,目前正在看您的第二版译著《数量生态学》,我在您的博客里下载了相关的代码,但是我发现里面没有数据,无法进行配套练习,可以麻烦您给我发一份吗?我的邮箱是1344670564@qq.com
我的回复(2020-8-30 10:08):数据直接在R文件里面。

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GMT+8, 2021-10-27 18:24

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