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编译安装python时,设定动态链接库
陈卫 2019-7-17 08:54
编译安装python时,在./configure 后面添加关键字 -enable-share, 否则lammps无法调用python。
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C编译器中制定linker的路径
陈卫 2019-7-17 08:52
昨天尝试在课题组的机群上安装最新版的lammps程序包,不过程序编译到最后的时候,出现错误提示:/usr/bin/ld的版本太旧,和最新的lammps不匹配了。 从网上下载了最新版的binutils-2.32,分三部安装 /configure --prefix=your path make make install 然后在编译安装lammps时,在gcc或者mpicc 后面 ...
个人分类: 软件的使用|1893 次阅读|没有评论
练习题: FFTW 2d r2c 和c2r数组的结构问题
陈卫 2016-9-7 15:50
FFTW 2d r2c 将Nx*Ny 实数数组变换后,复数数组的结构为Nx*(Ny/2+1), 花了半天的时间才将FFTW的数组结构整明白。 下面是自己写的一段测试代码: #includecomplex.h #includefftw3.h #includemath.h #includestdio.h #includestdlib.h #define Nx 5 #define Ny 5 #define Nz 5 int main( ...
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练习题:FFTW计算卷积
陈卫 2016-9-5 16:24
最近在写经典密度泛函方面的程序代码, 为了提高程序的运行速度, 卷积部分用FFT来计算。 花了半天时间研究了一下FFTW的用法,FFTW在对长度为N的实数序列做变换时, 结果只保留长度为(N/2+1)的复数数组, 其余的值可以根据Y k = Y * N-k 来获得,这在编程的时候要小心处理。 另外,FFTW在做逆变换时,没有除以 ...
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终于把Tramonto 5.0编译通过了
陈卫 2016-8-18 10:41
从网页上下载的Tramonto 5.0的源代码有一些bug(美国圣地亚国家实验室也有不靠谱的时候), 自己手动修正了这些bug。 Tramonto依赖软件包boost, votca, gsl, trilions, 前三个还好说,直接通过ubuntu的源来安装就行了。对于trilions,我一开始编译的是12版,但是tramonto是根据trilions 11.4.1 版开发的, 12版做 ...
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Trilinos编译安装
热度 2 陈卫 2016-7-15 16:00
折腾了一天,终于把Trilinos编译通过了: 1. 下载软件包 2. 解压缩 3. 在解压缩的包里新建一个文件夹 build 4. 打开终端,进入刚刚新建的build目录,输入一下命令: cmake .. -DTPL_ENABLE_MPI:BOOL=ON -DTrilinos_ENABLE_ALL_PACKAGES:BOOL=OFF -DTrilinos_ENABLE_ALL_OPTIONAL_PACKAGES:BOOL=ON ...
个人分类: 软件的使用|8023 次阅读|6 个评论 热度 2
受限于多孔材料内的硬球液体的状态方程
热度 1 陈卫 2016-6-8 14:35
正文请见附件。 受限于多孔材料内的硬球液体的状态方程.pdf SPT2.c 我只能说 科学网的博客做的实在太烂了, 我不知道我的博文里全是讨论科学内容的文字出现了哪些敏感词,正文死活发不出去。 Reference: W. Chen, S.L. Zhao, M. Holovko, X. S. Chen,and W. Dong, J. Phys. Chem. B accepted ...
4295 次阅读|1 个评论 热度 1
LAMMPS 软件使用入门:3. 简单的算例
热度 4 陈卫 2016-5-5 11:17
先简要地说说 LAMMPS 的运行过程,LAMMPS 本身没有图形界面,所有的计算模 拟过程都是在 Linux 终端执行,LAMMPS 运行所需要的指令需要用户写在一个输入 文件里(input script) ,一般以.in 为后缀名。 在 lammps-10Feb15/examples 文件夹下,有大量的使用 LAMMPS 的实例,是非常 好的学习题材。在这里,我们首先用 LAMMPS 来模拟 ...
个人分类: 软件的使用|48964 次阅读|5 个评论 热度 4
LAMMPS 软件使用入门:2. 软件的安装
热度 3 陈卫 2016-5-5 11:02
LAMMPS软件的安装.pdf 国内的网和谐络和谐审和谐查太严格了,技术性文档里有些和政和谐治和谐毫不相关的词语都不让发表。 我只好整理成PDF上传上来了。
个人分类: 软件的使用|8959 次阅读|4 个评论 热度 3
LAMMPS 软件使用入门:1. 解决问题的途径
热度 1 陈卫 2016-5-4 15:30
在使用LAMMPS 时可能会遇到一些问题,以下几种途径可能会帮到你: 1. 加入LAMMPS 的邮件组,向有经验的用户咨询,但是要注意提问的技巧,清 晰准确的描述自己的问题才有可能得到别人的帮助,不要把问题的描述一笔带 过,甚至不描述问题的细节,让看到的好心人凭运气来猜,不要问类似“我的 LAMMPS 出问题了?我该怎 ...
个人分类: 软件的使用|8901 次阅读|2 个评论 热度 1

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