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大数据时代如何探索基因大数据的价值——lncRNA

已有 5054 次阅读 2016-6-10 23:17 |系统分类:论文交流

2015 Nature Genetics发表的文章通过分析正常组织和各种常见类型癌症组织7256个转录组测序样本,43T转录组数据中鉴定得到58,000lncRNA;发现上千种lncRNAs 在癌症组织中特异表达,可以作为新的肿瘤标记物。

2014 Genome Biology 发表的文章通过研究13种组织和30个玉米转录组数据中LncRNAs的表达,鉴定出了20163个推测的LncRNAs 并对LncRNAs的组织特异性的表达调控网络进行了解析。


随着大数据时代的到来,在如此大的数据海洋中挖掘新的LncRNA,无异于大海捞针,传统的生物信息分析方式已经不能满足时代的需求了。此时,在大数据时代应运而生的百迈客云是你最好的选择。

   在百迈客云的lncRNA分析平台上,不但可以利用PB规模的高通量测序数据的共享资源(已水稻为例,目前已收录的基因组数据集29910个,转录组数据集4100个),还可以获得更深入的数据分析结果包括mRNA表达量挖掘、mRNA差异基因挖掘、lncRNA鉴定、lncRNA差异基因挖掘、lncRNA靶基因挖掘。

百迈客云(BMKCloud)是一个基于基因大数据的挖掘,管理和科研协作的整合平台。百迈客云核心团队由生物学家,生物信息专家,云计算专家和顶尖开发人员组成。百迈客云,为基因大数据研究助力。(https://www.biocloud.net

文章列表:

Li L, Eichten S R, Shimizu R, et al. Genome-widediscovery and characterization of maize long non-coding RNAs[J]. Genome Biol,2014, 15(2): R40.

Iyer M K, Niknafs Y S, Malik R, et al. The landscapeof long noncoding RNAs in the human transcriptome[J]. Nature genetics, 2015,47(3): 199-208.




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