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lammps中如何获取某个时刻,某个原子的compute量?
热度 1 何欢 2018-10-31 10:57
lammps计算中,如果你想获得,ID为1的原子在1000timestep的动能,一般的写法可能就是如下: compute1allpe/atom variablepeequalc_1 timestep0.001 thermo100 t ...
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Torque在CentOS7上单机安装
何欢 2018-7-18 20:49
不小心将服务器的pbs弄坏了,于是自己在网上找了找教程,试着安装了下,失败了两三次,终于成功了。 系统:Centos 7 Torque版本:Torque 6.1.2 安装过程参考以下两个贴子安装: http://www.pwmat.com/tutorial-mstation-torque.html https://cndaqiang.github.io/2018/01/11/torque-install-centos/ ...
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lammps相同in文件却不同结果
何欢 2018-4-16 10:52
这几天在两台机器上跑lammps,偶然发现分别跑了两个一样的算例,但结果却有不一样,后来查了下手册,发现12.1 Common problems中写了如下一段话: If two LAMMPS runs do not produce the exact same answer on different machines or different numbers of processors, this is typically not a bug. In theory ...
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记好用的科研软件(随时不定期更新)
何欢 2018-3-25 20:04
Findit 2011:里面有好多无机晶体的cif文件,还是挺全的 PDFElement :好用的pdf编辑软件 VMD+Ovito:不错的数据可视化软件 Diamond:建模不错,做示意图很好看,就是库有点少 TeamViewer:桌面远程控制软件 冰点文库:下载百度文库好用的东西 AI:做示意图,改图的神器 Mendeley:目前用的最顺手文献管理软件 ...
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Lammps中一个小小的语法规则
何欢 2018-1-18 08:57
单字符串和多字符串用来命名variable的name时,引用时注意,如果是单字符串,只需$x,而多字符串,则需加上curly brackets(花括号),${temp}。 lammps-manual-3.2中原话如下: If the $ is followed by curly brackets, then the variable name is the text inside the curly brackets. If no curly br ...
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Lammps中Voronoi package的安装
何欢 2017-11-27 16:47
必要条件:要有一个安装好的Lammps,这方面教程很多。 开始安装Voronoi, 1.在网上下载Voro++的包 网址为: http://math.lbl.gov/voro++/download (可能有的网会打不开,我是用手机打开的) 2.在lammps/lib/voronoi的文件夹下,解压voro++-0.4.6 命令:tar -xvf voro++-0.4.6 3.解压结束后,打开voro++-0.4.6, ...
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[转载]MD学习2-log文件
何欢 2017-9-13 20:25
step 步数 Temp 温度 E_pair pair(相互作用)能量 E_mol 分子能量 TotEng 总能量 Press 压强
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