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原文教程:http://chem.wayne.edu/schlegel/Software/oniomtoolTAO/TAOtutorial.html
做QM/MM时,有时结构的原子太多,用gaussview处理时,会出现长时间卡顿,着实恼人,Tao是用命令行操作,可以与gaussview配合使用,提高效率。
程序功能:
1.将PDB文件转成gjf文件(pdb2oniom --help)
2.将系统的中一部分截取(pdbcore)
3.检查不正确的连接方式,前提是gjf里写了connectivity信息(checkconnect)
4.计算高层和低层所带电荷(chargesum)
5. 使用gaussian报错log文件自动补全缺失的参数如键长和键角等(parmlookup),但缺失的原子范德华半径需要手动查找补全
例: parmlookup -g mmp2_partial_r_06.log -o mmp2_partial_r_06_parm.txt
mmp2_partial_r_06_parm.txt文件即可复制到gjf文件中的末尾。注意,有些无法完全匹配amber力场文件的原子,不能补全,参数以0.000表示,需要手动补全。
amber力场文件里的原子类型多种多样,其含义参考
http://ambermd.org/antechamber/gaff.html#atomtype (GAFF力场小写原子)
http://www.chem.cmu.edu/courses/09-560/docs/msi/ffbsim/B_AtomTypes.html (AMBER力场大写原子)
补全参数时应搞清楚各原子杂化方式,对应于相似的原子类型。
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