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使用Amber计算溶剂可及表面(SASA) 2019-01-17
使用Amber软件进行动力学模拟之后,有时会对轨迹的蛋白溶剂可及表面(SASA)进行分析,Amber软件中提供了两种方法进行计算,分别是molsulf和surf,下面简要介绍 ...
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使用VI插入列 2018-10-06
当PDB文件中缺少chain时,我们需要在PDB文件中加入A,B或C等,此时我们可以使用VI进行处理,步骤如下: 第一步: 移动光标到插入的位置 第二步: 按 CTRL+v ...
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[转载]Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷 2018-09-04
  以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正! Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷 原子电荷 ,顾名思义就 ...
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OPLS-AA力场中的sigma参数为什么比amber中的大 2018-08-23
最近阅读文献,想使用OPLS-AA中的力场参数,发现OPLS-AA力场中的原子的非键参数epsilon(ε)相同,但是sigma(σ)参数和amber中的对不上,最后发现两个力场中 ...
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[转载]相似性度量 2018-07-08
  Tanimoto Coefficient-based Similarity Tanimoto Coefficient和前面的5中相关度计算方式有很大的不同,它不关心用户对物品的具体评分值是多少,它 ...
(396)次阅读|(0)个评论
[转载]概念(1) 2018-07-04
  均值漂移(mean shift)算法 设想在一个有N个样本点的特征空间, 初始确定一个中心点center,计算在设置的半径为D的圆形空间内所有的点(x i ...
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MD模拟中的盒子大小问题 2018-06-29
  The most important question to ask now is  why choose 1.2 nm?  The short answer is that you don't want the protein to 'see& ...
(433)次阅读|(0)个评论
image和autoimage,iwrap和unwrap 2018-06-22
autoimage(Automatically re-image coordinates 坐标自动重新成像) Automatically center and image (by molecule) a trajectory with periodic boundari ...
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