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[转载]为人民做的梦,终会实现(略记国之脊梁袁隆平)
2023-6-25 16:44
袁老的梦——禾下乘凉图 2023 年 6 月 24 日,中央四台晚八点播出《 中国脊梁 - 袁隆平 》,看后唏嘘不已,若论科研价值,袁老绝对比肩诺奖获得者,但老一辈科研工作者不重名利,不事张扬,一心以解决黎民百姓温饱为己任,其为人、治学、修身、齐家皆为我辈之表率,为纪念之,又为警醒自己 ...
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[转载]核酸分子进化的标记——Ka/ks
2023-3-13 18:50
Ka / Ks 分析是生物信息学常见分析之一,它在研究核酸分子进化方面有重要应用。 计算 Ka / Ks 的意义在于理解蛋白编码序列的亲缘关系,重建系统发育 ,分析 选择压力 , 是基因家族分析中十分重要的一部分 。 什么是 Ka / Ks ? 在遗传学中, Ka / ...
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[转载]动植物性状基因定位方法——BSA全基因组重测序
2023-3-12 17:51
BSA ( Bulk Segregant Analysis ) 针对目标性状,选择表型极端差异的亲本构建家系,对该家系目标性状表型极端的子代分别混合得到的两个样本池进行全基因组重测序,检测到的两池间 DNA 差异片段即为候选区域,可进一步定位到目标性状相关的基因或标记。利用该方法,可以快速的对单一性状进行精细定位,加速目标性状 ...
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蛋白质组学数据库的下载和利用
2023-2-28 18:10
在做蛋白质组学的分析过程中,数据库的下载是一个不能忽视的问题,如何下载数据库呢? 我们通常用到的数据库有两个,一个是 uniprot ,应用广泛;另一个是 NCBI 。 Uniprot 意为 universal proteind ,由 Swiss-Prot 、 TrEMBL 和 PIR-PSD 三大数据库集合而成,数据主要来自于基因组测序项目完成后,后 ...
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[转载]基因组分析中的“地图”——gff3和gtf文件
2023-2-28 11:35
在常见生物信息分析中,基因组的注释文件和参考基因组同样重要,如果说参考基因组是一个蕴含着所有资源的宝岛,那么基因组的注释文件就是航海路线图。因此,理解基因组注释文件,将会极大地帮助我们提高生信分析效率。今天,我们的主题就来探究常见的注释文件 gff3 和 gtf 。 GFF3 ( General Feature Format ...
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NCBI是如何对基因和转录本编号的
2023-2-25 16:49
NCBI上基因前面有个accession(编号)分别有 NC、NM、NP、GI、XP、XM、BC、AB、NG、AJ、AC、AY和AF 等等,然后后面是一串数字,比如: ACCESSION是NCBI序列数据中我们常用到编号 (另一个是GI)。ACCESSION形式为 NN_#####.#, 其中 NN 为两个字母,其不同组合又可以区分为蛋白序列、核酸序列或基因组序列 ...
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基因功能注释( GO / KEGG / PFAM)和富集分析
热度 1 2023-2-21 17:46
基因功能注释和富集分析基本上是生信分析的标配,一般测序公司能够给出满意的分析,如果想自主分析,利用某些云平台如OE/JDO等也能方便地对模式物种或某些常见物种进行操作。不过我其实一直有个疑问,基因GO/KEGG注释的背景文件是如何获得的?可靠性如何?某些审稿人其实也提出过这种疑问,要求给出解释,虽然不是很严格, ...
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怎样自主进行基因GO/KEGG富集分析?
热度 1 2022-1-13 18:59
GO/KEGG 富集分析图是测序公司分析报告里的标配,大家都习以为常,如果想自己操作,怎么办呢? 1. 拿到公司的 GO/KEGG 背景文件,将自己筛选到的差异基因在各个公司云平台上运行 ,例如基迪奥和欧易云平台 。 2. DAVID 与 KOBAS 在线分析 ,参考 https://www.jianshu.com/p/85f ...
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教你怎么查基因启动子和转录因子结合位点
热度 1 2021-10-26 17:36
想做 Luciferase 、点突变、截短、 ChIP ,不知如何入门,转录因子与 promoter 结合位点不知道怎么找?看完这篇文章轻松拿下 ~ 基础知识: 启动子( promoter ):与 RNA 聚合酶结合并能起始 mRNA 合成的序列。一般选择 CDS 区上游 2 kb 。 UTR ( Untranslated Regions) :即非翻译区,是信使 RNA ...
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[转载]DESeq2原理不简单
2021-10-18 11:29
上网搜了一下DESeq2软件的工作原理,大体罗列一下,流程可能不是太准确,仅供参考! 不研究不知道,一研究吓一跳,原来 DESeq2 这么复杂,这 10000 多的引用量真不是吹的 …… DESeq2 的差异表达分析涉及多个步骤,具体步骤参见下面流程图中的蓝色部分 简单地说, ...
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