不同学科的引证行为存在显著差异，从而导致论文被引频次达到峰值的时段有很大不同。影响因子采用2年为论文及引文统计期，其依据是论文的被引用次数在发表后1-2年就达到高峰。实际上，由于不同学科的研究特点和引证行为存在很大差异，论文被引用所经历的时间段可能是很不相同的。对于数学、地球科学、植物科学等传统成熟学科或观察描述性科学，论文可能需要经过较长的时间方可获得影响，但对于材料科学、生物学、化学等以实验为主的学科，则有可能很快地开展进一步的实验研究，因而很快引起较大影响并被大量引证。

        例如，2019年度《化学物理》（Journal of Chemical Physics，IF=2.991）的被引半哀期高达17.6年（即：该刊的21.07万次被引中有半数来源于其近17.6年来所发表的文章），而《先进材料》（Advanced Materials，IF=27.298）的被引半哀期只有4.6年，两者相差高达4倍。

        不同学科的论文数量和论文中参考文献数量存在很大差异，从而使得学科间期刊的影响因子缺乏可比性。不同学科间由于发展速度和成熟度不同，每年论文产出数量差异很大，并且由于学科特点的差异和论证的需要，从而致使论文中参考文献的数目差别很大，这又反过来在很大程度上导致不同学科间刊物的影响因子产生较大差异。

        例如，2019年SCI材料科学领域的集合影响因子(Aggregate Impact Factor)为5.274(即将材料科学领域的314种期刊视为同一份期刊来计算影响因子)，而数学领域324种期刊的集合影响因子为0.993，两者相差超过5倍。

        综述类期刊和载文量较小的期刊更容易获得相对较高的影响因子，因此影响因子很高的期刊并不一定就具有与之相对应的学术影响。以发表高水平综述论文为主的期刊更容易获得较高的影响因子，如果年发表论文数较少的话，这种效应则更为明显。在2019年影响因子大于40的20种期刊中，有11种期刊的年发表的论文数量不超过50篇；20种期刊中有10种为综述类期刊（其中6种为Nature Reviews系列期刊）。

        此外，在影响因子的计算中，分子中引证次数统计了相应刊物中所有文章被引证的总次数，而分母中引证条目数只统计以研究论文和综述为代表的“论文”数量，对短评、读者来信、简讯等一些可能被引用的短文并不进行统计。实际上，这些非“论文”的被引证频次对影响因子的贡献可能比较大（在某些生物医学期刊中甚至超过10%），从而在一定程度上导致某些期刊计算的影响因子与实际影响因子存在较大差异。

        期刊中不同论文的被引次数差别很大，论文并不因为发表于高影响因子的期刊就一定能获得较高的被引频次。期刊的影响因子并不能反映其中每篇论文的实际被引证频次，即：高影响因子期刊发表的论文并不一定能获得高被引，对于期刊而言，不存在论文“搭车”的现象。统计表明，很多期刊中约20%的论文贡献了期刊约80%的总被引频次(论文被引中的“二八”现象)，期刊中一半论文的平均被引证次数大约是另一半的10倍。

        一个比较极端的例证是近年来SCI收录期刊中影响因子一直遥遥领先的《临床医师癌症杂志》（CA: A Cancer Journal for Clinicians），2019年度该刊的影响因子高达292.278，遥遥领先于影响因子位列第二的《新英格兰医学杂志》（NEJM，影响因子为74.699）。CA在2017-2018年共计发表了17篇综述和37篇研究论文，其中4篇有关癌症统计的文章在2019年的被引用次数（13138次）占全部54篇文章总被引的83.2%，也就是说CA的影响因子中超过80%是由7%（4篇）的论文贡献的。

        SCI中不同国家被收录的期刊数量相差极大且以英文版期刊为主，难以客观地反映不同语种期刊的全面情况。SCI收录期刊以英语语种为主的特点决定了非英语语种期刊收录较少且影响因子总体相对较低。2019年度《期刊引证报告》（JCR）中9363种科技期刊的主要国家来源和占比分别为：美国：3052种（32.60%），英国：2045种（21.84%），荷兰：762种（8.14%），德国：643种（6.87%）。这4个国家的期刊数量共计占JCR中期刊总数的69.45%，这就不可避免地造成SCI的源期刊库很难全面、公允地反映不同国家、不同学科、不同语种期刊的全面情况，而同国科学家之间因研究成果传播的快捷性、研究主题的相关性等种种因素而倾向于更多地相互引用，这在一定程度上导致了不同国家期刊影响因子的很大差异。