沉闷科学的掘墓人分享 http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

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[40]李莉   2019-3-4 14:51
熊老师,您好!请问您知道环境距离的算法吗?我想用R算一个环境距离和遗传距离的相关性。
[39]管观秀   2018-10-22 14:27
熊老师,您好。我想请问下我电脑装了 Python 2.7,下载raxmlGUI程序解压后双击raxmlGUI.py后显示选择打卡方式,选择Python,是输入命令符界面,为什么我打开不是可视交互界面呢
[38]蔡银银   2018-7-28 14:57
熊老师,想问您关于phylobayes构树时,外群和模型的选择如何设置
[37]kongchan1990   2017-7-6 16:08
熊老师,您好,我是做植物遗传育种方向的一名高校老师,想向您请教一下有没有办法直接用遗传距离构建系统发育树的方法呢?我之前构建出来的都缺少支持率一项!
我的回复(2017-7-22 14:16):直接用遗传距离构建系统发育树,应该是没支持率,我想因为证据太窄,无法做抽样性的自举检验吧
[36]doukaka   2017-5-15 16:01
熊老师,您好,我用paml软件计算基因的正选择位点,但不清楚paml计算的是所有运行物种序列的正选择位点还是第一条序列目标序列的正选择位点,麻烦老师给些指点,非常感谢
[35]郭志慧   2017-5-2 10:16
老师您好,我在您博文里面看到了‘使用FigTree制作环形系统发育树’,但是没有直接用figtree构建发育树的使用说明,麻烦老师能给些指点,非常感谢
[34]吴菲   2017-4-19 10:46
熊老师,您好,我再用mrbayes构建BI树,但是程序运行一直出错,大致是哪里出了问题呢?数据的饱和度什么的都检测了,ML树和MP树也都构建出来了,麻烦您指点指点,万分感谢
[33]zqp000   2017-4-2 18:55
老师您好,我想请问用R语言对数据做好Go分析,怎么选择具有最大数量的重要GO项的模块在Cytoscape软件中可视化?如何用幂律模型画节点分布图?烦请指导
[32]王思虎   2016-11-14 10:05
熊老师您好,目前正进行“群体历史动态推断”分析,即对每个Clade的物种个数有没有要求,比如至少需要多少条单倍型序列?希望能得到您的指点。学生王思虎,敬上。
我的回复(2016-11-22 22:15):这个不是很清楚,应该没有严格的要求吧
[31]汪洲涛   2016-5-28 16:50
老师您好!我最近在用SSR标记鉴定甘蔗的遗传距离,通过凝胶电泳得到0/1矩阵,现在我想用R语言处理这个矩阵,生成品种间的遗传相似性系数,并生成聚类图,如果您知道怎么做,恳请您指导我一下,我专业硕士,等着毕业,论文太简单,想在数据分析上添些亮点,谢谢老师!
我的回复(2016-5-31 07:58):具体什么矩阵呢,可否发个样表来看看
[30]杨婵   2015-12-27 16:59
我的系统是win10,会与win7有不同吗?总之,不太会弄这块,希望向您仔细学习?谢谢。
[29]杨婵   2015-12-27 16:53
熊老师,您好,我想学习TCS的使用,那个bat文件怎么建造,是把记事本格式变成bat吗?
我的回复(2015-12-28 17:47):后缀名改成bat即可
[28]anodonta   2015-10-21 09:34
老师我的邮箱是792806354@qq.com,谢谢您!
我的回复(2015-10-22 09:44):已发,请查收邮箱哈
[27]anodonta   2015-10-21 09:32
老师您好,可以把how to use Mrmodeltest的视频发一份给我吗?我看了您12年的一篇博客,上面提供的网址打不开,
[26]jiwenxia1   2015-7-23 16:43
熊老师,我在找程序包generalized pareto distribution, 但是只找到tar.gz的程序包,这个在windows 环境不能用。请问哪里可以找到windows 可以用的程序包。我的邮箱是 juliajiwenxia@cpic.com.cn
[25]zhangyibo2011   2015-7-16 20:48
熊老师,您能把How to use MrModeltest.mp4的视频发给我学习一下吗?我的邮箱为zhang_yibo2013@163.com,,非常感谢!
[24]hyxxsf   2015-1-16 13:03
您好,我下载的您的贝叶斯分析软件怎么建出的树没有节点支持率呢?请您指点一二,谢谢
[23]qiuzhiwei   2015-1-14 10:00
熊老师您好,您能把How to use MrModeltest.mp4这个视频分享一下吗?qiuzhiwei17@163.com,谢谢大师!
[22]汪丽   2014-9-13 10:10
大师,求教面板数据主成分分析该如何操作?
[21]xizepu   2014-5-12 22:36
菜鸟想画个饼图都不知道如何下手。前辈能指导一下吗?具体是这样的:统计班级六级通过情况,通过为1,未过为0,现在需要将两者画出一个饼图,怎么实现啊。刚刚开始学,但周三有个班会报告,我都不知道怎么下手。课堂上敲击代码,老师也不讲那些代码是如何实现的。希望前辈指点啊
我的回复(2014-5-14 07:02):先把你的0/1数据列使用table()进行频次统计并赋值给变量x,然后对变量x使用pie()函数即可

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