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[24]谭全亚   2020-4-9 21:07
张老师,你好!求已完成测序物种信息汇总excel表,谢谢!tan.qy.520@163.com
[23]吴跃华   2015-5-4 09:17
欢迎您来指导,看我批评的是否有道理,如能给出批评意见,非常感谢:《致赵美娣博主:你拿盖章说错了事!》http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1737936&do=blog&quickforward=1&id=887042
[22]周向军   2015-3-17 10:05
恩 ,我边学边请教您,就是感觉明显大脑转起来有些吃力,这学期我上了324节纯理论课,上课备课时间占用太多,下学期我就有时间了。您的邮箱能告诉我吗,gmail好像您那收不到信息。
我的回复(2015-3-17 10:51):你发到我同济邮箱
[21]周向军   2015-3-16 22:08
老师,我利用假期看了您的文章,只能看表面意思,深层次的内容看不明白,我特别想照着您的数据模仿一遍,但您的文章我下载下来的只有2-3页,我感觉我应该没有下载全面,是不是您论文中的数据专门放到别的地方去了。(我是以前联系您的学生,以前咨询上您的博士的,谢谢,请您还能记得我)
我的回复(2015-3-16 23:13):您看我最近一篇博客,里面有我最近两篇文章的附件。
[20]周向军   2015-1-22 18:21
老师,我已近开始看您的文章了,您有这方面的中文书或文章吗,有许多基础知识和概念我还跟不上,想打一下基础,这样上后快一些,谢谢。后面会陆续请教您专业问题,谢谢
[19]周向军   2014-12-3 10:56
我的简历太简陋了,发表了十几篇中文食品方面的CSCD核心和其余三十余篇的普通中文核心,没有一篇第一作者的外文。我会在后面给您发过来的。计算机语言、编程这些药补充,我最大优势就是能钻研、拼命,一天能工作16小时,能提前做各种准备和知识储存,缺点就是没有自信,胆子较小。我能团结别人,随便别人怎么批评,我都觉得是对我的帮助(我现在工作8年了,是西部一个偏远地方的高校老师,我这缺乏最基本的实验平台)。我愿意用一年准备,今年肯定不行了,元旦前后我将简历给您发过来,联系后面事宜。(我的生物化学、分子生物学、基因工程、生物物理、生物有机、生物无机、结构生物学相对较好,如果能进行生物分子模拟、预测等研究的话,我真是太高兴了)
我的回复(2014-12-3 14:15):好的 ,谢谢。
[18]周向军   2014-12-1 20:54
老师,您招收博士吗,我想转行,用一年时间学习计算生物学将来科研的基础,能追上来吗
我的回复(2014-12-1 22:42):你可以发一份简历给我吗? 我同济网页有我的邮箱地址
我的回复(2014-12-1 22:41):不用一年, 计算生物学很多内容属于新兴学科,能很快进入前沿。我不能招收博士,如果你对我研究方向感兴趣,我们两有共同的研究兴趣,我有办法给你弄个博士。
[17]张君才   2014-4-9 11:22
请张老师看看我的论文。“先有鸡还是先有蛋的问题”从广义上是“先有产蛋动物还是先有蛋的问题”。为说明的方便起见,在本文将产蛋动物简称鸡,蛋还是简称为蛋,揭示了先有鸡还是先有蛋,就等于揭示了先有产蛋动物还是先有蛋。无论鸡是从什么进化来的,都无须循环往前追溯,因为再往前追溯到任何阶段都回到“先有产蛋动物还是先有蛋的问题”上,而本文就是揭示了先有产蛋动物后有蛋的。

类比人的遗传:母亲生小孩,母亲是上一代,小孩是下一代,小孩怎么能够与母亲比先后呢;母鸡生小鸡,与人的生育是一样的,母鸡是上一代,小鸡是下一代,小鸡怎么能够与母鸡比先后呢。只是母鸡生小鸡时,不是直接生一个毛绒绒的小鸡,而是生一个圆圆的、有层壳包着的蛋,表面上看起来是一只蛋,实际上是一只我下文中表述的“液态”小鸡。
类比青蛙的遗传:鸡的遗传与青蛙的遗传有点相似,青蛙生蝌蚪,蝌蚪变成小青蛙,青蛙不是直接生小青蛙的,而是生蝌蚪,蝌蚪变成小青蛙。蛋和蝌蚪相对应,都是生育的一个中间环节。蝌蚪变成小青蛙的过程暴露在外边,我们看得到,蛋变成小鸡的过程,有层蛋壳包着,人们看不到,其实,我们只要深深地思考,透过蛋壳去思考,就会知道,小鸡是在蛋孵化到20天的时候破壳而出的,那么,在第十九天蛋壳里面肯定是一只活蹦乱跳的小鸡,就象怀孕到八九个月的小孩会在妈妈肚子里乱踢一样,否则第二十天的时候,它不可能啄破蛋壳而出,既然第十九天的时候在蛋壳里面是只活蹦乱跳的小鸡,那么第十八天的时候蛋壳里面肯定是只小鸡,再往回推,第十七天、十六天、十五天里面肯定是只小鸡,从第十五天到第十天,可能是只模模糊糊的小鸡,从第十天到第五天,介于蛋和模模糊糊的小鸡之间,到了第五天之前,就是蛋清和蛋黄的模样了。我把母鸡刚生下来的蛋形象地比喻成一只液态小鸡,我们的祖先道教中把蛋描述成“未形成血肉之躯的浑浊之物”,其实,这个浑浊之物就是一只小鸡,只不过是只“液态”小鸡罢了。“液态”小鸡它要通过一定的温度才能变成“固态”小鸡。如果我们用先进的手段把20天的孵化过程拍下来,缩短至20秒中把它放出来,就会看到母鸡生下一只蛋后立即钻出了小鸡,就直观地看到母鸡生蛋实际就是生小鸡了,把20秒延长至20天,就蒙住了人的眼睛,蒙了几千年。这是人类洞察力不够的原因,前不久,网上传斯里兰卡有只母鸡就直接生了一只小鸡,这就可以作为我揭示先有鸡后有蛋的真相的证据。
类比鱼等动物的遗传:我们在看人与自然和动物世界的节目时,会看到有的大鱼直接生小鱼,有的鱼产卵变成小鱼,有的鱼生蛋变成小鱼(如鳄鱼),有些大型动物生育方式也不同,如大象就直接生小象,而恐龙就是生蛋后孵化成小恐龙。都是遗传生育,为什么生了个蛋经过一段时间变化变成下一代就搞不懂了呢?人类认识多么肤浅啊。
大多数动物遗传的基本方式有三种:一是体内受孕,体内孕育成熟后直接生下一代(如人),二是体外受孕,体外孕育成熟后变成下一代(如一些鱼),三是体内受孕,体内孕育一段时间,再到体外孕育一段时间变成下一代(如鸡)。
鸡生蛋是上一代生下一代,是遗传关系,蛋变成小鸡是变化关系,是从无形变成有型,从浑浊变成清晰。只有遗传关系才有上一代与下一代的隔代的先后之分,变化关系是同一代的变化,无隔代的先后之分,故不存在先有蛋后有鸡的说法,因为蛋和小鸡是同一代,既然不存在这种说法,就只存在先有鸡后有蛋了。
假如以后能够穿越时空,回到远古时代,地球上还没有生命,你看到的最始祖的是一只蛋,这只蛋要变成鸡,那么这只蛋实际上是一只鸡,一枚鹅卵石或是一只梨是不会变成一只鸡的。所以无论是先看到蛋还是先看到鸡,生命界都是先存在鸡的。
不论是直接生长得像父母的下一代,还是产卵后变成下一代,还是产蛋后变成下一代,都是遗传。有一层蛋壳包着就蒙住了人们的眼睛,使得人们搞不清是先有鸡还是先有蛋了。
英国科学家在2006年的时候说先有的蛋后有的鸡,理由是基因决定的,我在2007年的时候发表了《先有的鸡后有的蛋证明》一文,被《遗传学报》的电子版收录,点击进入遗传网的学术争鸣栏目就可看到收录的文章。2010年的时候,英国科学家又说是先有鸡后有蛋,理由是蛋壳只有在母鸡腹中才能形成,两种说法截然相反,这不是科学家的精神,而且这些说法都不能令人信服,没有我分析的明白。
[16]郭颖   2014-3-26 08:49
你的博文很有启发性,不过,想提个小小的想法:斜体字影响阅读体验,看起来有点吃力,能不能都用正的字呢。
我的回复(2014-4-12 15:45):谢谢。。当然可以,以后注意了。
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[15]用户名   2013-9-16 01:02
评论已经被科学网删除
[14]袁健   2013-7-16 08:40
张老师您好,我是安师大研究生,冒昧咨询下您CID的两篇H7N9文章接收后差不多多久后在线?是不是需要先汇款,出版社才给在线。我8号文章接收,然后一直没有消息。谢谢张老师。
[13]程毅   2013-5-5 11:51
我想找找WA352相对应常规水稻的基因序列,此文是否有提到?
能否有方法推荐下
我的回复(2013-5-5 12:17):你去nCBI里搜WA352, 这个基因全长只在线粒体有
[12]Johnxu   2013-4-16 16:07
Thanks very much for sharing!
[11]yangxing0822   2013-4-14 19:24
张老师:您好!我是浙江大学的研究生,  请问你上传的H7N9基因组序列是几个基因组的序列啊?是4个吗?我的qq是414390181 如果您方便的话,请加我!我有问题想请教您!学生 杨建
我的回复(2013-4-15 09:06):是7个,以地方的名字命名
[10]陈露   2012-11-20 18:06
能在这里的字里行间向张老师学习甚感荣幸
我的回复(2012-11-21 01:48):谢谢,我也深感荣幸
[9]薛宇   2012-9-8 15:50
还真是如您所说,来源是个问题。我们打算忙完这阵子,就把苹果版的放到Apple Store上面去。这样就不存在来源的问题了。谢谢哈~
[8]罗广营   2011-10-20 09:58
Hi 你在哪里深造呢 主要研究哪方面呢? 喜欢你的博文 你想的比较全面 站得高
我的回复(2011-10-22 11:06):我给你发私信了,看看。
我的回复(2011-10-20 11:08):谢谢。我回到消息里了,呵呵
[7]杨文祥   2011-9-22 16:15
致意。
[6]黄捷   2011-7-11 19:08
你好 我是武汉大学做生物信息方向的 -黄捷 龙星计划ibw记不记得问过一个女生是不是复旦大学的 觉得在我前面人名字很熟 原来是科学网blog好友
我的回复(2011-7-17 22:31):记得,记得!你好。
[5]刘镛   2011-4-25 13:10
张老师,您好!用Clustal X进行序列比对时保证核苷酸序列是三的倍数,没有终止密码子,核苷酸序列的第一位是密码子的第一位。关于这一点具体是怎么做到的呢?我导进序列后,PAML都提示序列出问题,试过很多办法也不行。想请问一下大侠,序列是用保守的结构域片段,还是用基因的全长?对序列具体有什么要求?是否要求序列高度保守?如果是,要求相似性达到多少以上?那是否相似性低的基因家族就无法进行选择压力的分析?
我的回复(2011-5-8 12:33):下次给我发短消息,不知道这个留言我给你回复了吗?
一般是根据蛋白质比对,再把cds对比上去,而不是比对cds。做这个分析一般是用分化时间短的序列,

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GMT+8, 2021-4-20 00:31

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