PLUMED是一款计算free energy的免费软件。通常PLUMED作为一种plug-in软件，与常用的MD engine结合计算体系自由能。其中包含了多种常用方法如umbrella sampling, metadynamics等等。先介绍如何与gromacs结合使用。

gromacs是一款常用的MD软件，首先下载gromacs并安装，以gromacs-5.0.4为例。

1.首先安装PLUED

下载plumed-2.2b

$ tar -xzvf plumed-2.2b-tar.gz

$ cd plumed-2.2b

$ ./configure --prefix=$HOME/install/plumed

$ make

$ make install

2.安装GROMACS，并patch with plumed

$ tar -xzvf gromacs-5.0.4.tar.gz

$ cd gromacs-5.0.4

$  plumed patch -p (or: patch.sh -p)

$ mkdir build

$ cd build

$ cmake .. -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_X11=OFF -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc  -DGMX_MPI=ON -DGMX_PREFER_STATIC_LIBS=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/install/gromacs

(cmake要求2.8之后版本；intel mpich 编译器)

$ make

$ make install

test run: mdrun_mpi_d -version