微生信分享 http://blog.sciencenet.cn/u/chinapubmed 0代码在线绘制160+科研图

博文

miRBase plus之miRCarta -- 全面收集miRNA,新候选miRNA

已有 3953 次阅读 2017-11-8 22:45 |个人分类:生物信息|系统分类:科研笔记| miRNA

众所周知,miRBase是miRNA研究的金标准数据库。但是,自2014年6月以来,就没有更新过(文章中这样说的,具体没有查)。那么,这3-5年以来,所有新miRNA预测文章就有可能有很多新miRNA是冗余的。正是因为没有一个统一的数据库,所以出现了这些问题。


这里,我们介绍一个新数据库,miRCarta,算是miRBase plus版。


它包含了miRBase的所有内容。还添加了许多新内容。



miRNA数目更多



信息更丰富:名字,序列,基因组位置,靶基因,通路,高通量测序表达值,实验证据等等。



并带有miRNA ID转换,miRNA blast,靶基因预测等等。


研究miRNA的可以转到这个数据库上了。


参考文献:miRCarta: a central repository for collecting miRNA candidates


数据库地址:https://mircarta.cs.uni-saarland.de/



https://blog.sciencenet.cn/blog-707141-1084377.html

上一篇:用图形展示miRNA-seq中检测到的miRNA和未检测到的miRNA
下一篇:生命科学数据库集锦(1000+数据库),可以分类搜索
收藏 IP: 61.173.108.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-3-28 21:33

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部