随着近年来计算机软硬件技术的发展，利用分子动力学模拟研究膜蛋白体系越来越多。因此，如何构建膜蛋白体系就显得尤其重要。在众多的分子动力学模拟软件中，NAMD由于并行效率高，而更多的应用于膜蛋白体系的研究中。因此，如和构建膜蛋白体系并应用于NAMD软件进行分子动力学模拟呢？膜蛋白体系的构建在VMD软件上利用插件Membrane Plugin, Version 1.1进行，一般分为以下几步：

1. 调用膜插件

package require membrane

2. 膜体系的描述

membrane -l <lipid_name> -x <size_in_X> -y <size_in_Y> {-o <output_prefix>}

3. 加入蛋白质

详细的步骤参照http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/membrane/。