1939年魏格纳的同乡挚友喜拉德和爱因斯坦一起给彼时的美国总统罗斯福写信,这封最后导致了美国曼哈顿计划。不过魏格纳在政治上没有什么经验,当时他很担心德国人会更早把原子弹造出来,甚至担心德国在大战中取胜、老想着那些大屠杀之类而不敢按手印。不管如何,他参加了曼哈顿计划,领导一个团队(包括温伯格—Alvin M. Weinberg 等后来著名学者)设计反应堆把铀转换为武器级的钚。在这个过程中他发现了魏格纳效应,即石墨减速棒因为中子辐射原子被替代后的肿胀效应,他还和艾森巴德 (Leonard Eisenbud) 发展了核反应 R-矩阵理论。战后他先在橡树岭国家实验室(那时为克林顿实验室---Clinton Laboratory) 做主任;但是他非常不喜欢管理性的工作,总觉得耽误了时间而影响自己做研究,因而1947年回到普林斯顿,不过他仍然在很多政府机构中作科学顾问。到了六十年代,魏格纳曾转向哲学方面,还发表了一篇著名文章“自然科学中数学不合理的有效性(The unreasonable effectiveness of mathematics in the natural sciences)”, 这篇文章是他在数学和物理学术圈外最出名的文章,并引起广泛的反响,这篇文章有许多相关讨论,这里不再赘述。关于一些数值实验方面的工作,魏格纳有一句妙语很有味道,我直接引述如下:“I am happy to learn that the computer understands the problem, but I would like to understand it, too.”在Bijker-Frank 2001年在Nuclear Physics News 讨论随机相互作用原子核结构理论的一篇文章[Nucl. Phys. News Vol. 11 (4), 15 (2001)] 中恰当地引述了这句话,给人印象很深。
1963年魏格纳与迈耶、延森[见本文系列《核科学群英谱(7): 核结构“标准模型建立者—迈耶和延森“》]一起获得诺贝尔物理奖,颁奖词对于魏格纳贡献的描述为”(基于他对于原子核和基本粒子理论的贡献,特别是通过基本对称性的应用和发现在这两个领域理论方面的贡献) for his contributions to the theory of the atomic nucleus and the elementary particles, particularly through the discovery and application of fundamental symmetry principles”。关于他的获奖,魏格纳本人有一个说法,他说自己从未考虑过这种可能性,并且(不是诙谐的语态)说:“假如我不做什么缺德的事情,我绝不指望我的名字会出现在报纸上(I never expected to get my name in the newspapers without doing something wicked)”,可见,他对出名并不觉得是多好的事情,他更喜欢和享受低调的生活。