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BWA 在Ubuntu下编译不能通过的解决办法
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原因：
编译带有SSE指令的程序时，应使用以下选项，
g++ -Wall -march=pentium4 -mmmx -o *.out *.cpp
而在Makefile文件中，却没有“-march=pentium4 -mmmx”选项。
更新后的Makefile文件（用该文件替换原来的Makefile文件，即可编译通过）：
CC= gcc
CXX= g++
CFLAGS= -g -Wall -O2 -march=pentium4 -mmmx
CXXFLAGS= $(CFLAGS)
DFLAGS= -DHAVE_PTHREAD #-D_NO_SSE2 #-D_FILE_OFFSET_BITS=64
OBJS= QSufSort.o bwt_gen.o utils.o bwt.o bwtio.o bwtaln.o bwtgap.o \
is.o bntseq.o bwtmisc.o bwtindex.o ksw.o stdaln.o simple_dp.o \
bwaseqio.o bwase.o bwape.o kstring.o cs2nt.o \
bwtsw2_core.o bwtsw2_main.o bwtsw2_aux.o bwt_lite.o \
bwtsw2_chain.o bamlite.o fastmap.o bwtsw2_pair.o
PROG= bwa
INCLUDES=
LIBS= -lm -lz -lpthread
SUBDIRS= . bwt_gen
.SUFFIXES:.c .o .cc
.c.o:
$(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
.cc.o:
$(CXX) -c $(CXXFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
all:$(PROG)
bwa:$(OBJS) main.o
$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(OBJS) main.o -o $@ $(LIBS)
QSufSort.o:QSufSort.h
bwt.o:bwt.h
bwtio.o:bwt.h
bwtaln.o:bwt.h bwtaln.h kseq.h
bwt1away.o:bwt.h bwtaln.h
bwt2fmv.o:bwt.h
bntseq.o:bntseq.h
bwtgap.o:bwtgap.h bwtaln.h bwt.h
fastmap:bwt.h
bwtsw2_core.o:bwtsw2.h bwt.h bwt_lite.h stdaln.h
bwtsw2_aux.o:bwtsw2.h bwt.h bwt_lite.h stdaln.h
bwtsw2_main.o:bwtsw2.h
clean:
rm -f gmon.out *.o a.out $(PROG) *~ *.a
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