最近做些工作，需要将sRNA匹配到目的序列。曾经尝试过，自己使用perl写的脚本，由于数据量不大，倒也没有出现问题。这次不同，数据量比较大，我的PC机就出现了问题。速度慢，不可忍受（工作催的紧）。

首先想到的替代工具是SOAP，当然是因为其速度快。再就是因为我们所有的测序都是由他们完成，在结题报告中也看到他们用同样的工具做相同工作。没想到麻烦也是这么开始的。

首先按照要求，使用SOAPaligner_builder创建了自己的索引库，然后使用结题报告中的参数（大体就是要求完全匹配，并报告匹配的不同位置）。一开始提示我“Query File Error: Can't read”，通过google发现有人和我遇到了相同问题（博客），按照前人经验，更改参数顺序，问题仍旧存在，百思不得其解。后来检查文档，发现是我建库文档中fasta格式中，">"这一行内容太多，并且空格都是tab引起的不识别导致。

纠正了错误，继续。问题也继续“length y < 0，.."。忍不住向华大相关人员询问，实在是崩溃了。也发现好多人遇到同样问题。华大工作人员耐心的帮我解答，很是感激。在比对27nt以下reads时，soap2会出现类似报错信息，但不影响结果。但我的结果却是没有匹配，这分明是和自己数据对不上啊。不得以，使用blastn继续自己的工作，虽然慢...

求高手解答吧！