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IP: 111.25.12.*   [25]黄新星   2023-2-25 10:59
熊博士您好,根据您之前的博客,我找到目标基因的转录因子,现在想预测这个转录因子是正向的还是负向的,能请教您一下吗?您发的那两个网站和博客都找不到了。谢谢。
我的回复(2023-3-13 14:21):请参照这篇博文以及评论区提供的网站
https://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1032139.html
(另外,预测的结果只是提供一个参考,具体的作用机制需要功能实验!祝好~)
IP: 159.226.100.*   [24]刘惠   2022-3-10 18:20
熊博士,您好!
我是中科院文情中心的研究生,我们目前正在调查学术界对社交媒体学术信息的使用和保存情况,故发此问卷,问题不多,恳请您拨冗填写,这将对我们设想图书馆的未来非常有益。本问卷实行匿名制,所有数据只用于统计分析,请放心填写。
链接:https://www.wjx.cn/vj/ea1LBcy.aspx
如果您对相关研究感兴趣,可以给我留言或者邮箱:liuhui@mail.las.ac.cn
再次感谢您!叨扰您了!
IP: 45.252.155.*   [22]刘天聪   2021-2-28 20:30
熊博士您好, 看了你的博文非常受益,感谢。
IP: 183.63.73.*   [21]王亦梁   2019-1-24 11:59
你好,我想问下PPA_red为什么我输入进去很久都没有结果出来?另外就是开源的互作数据库基本上是同一物种的,我想预测的是一个病毒蛋白和人的宿主蛋白的相互作用的关系
IP: 211.154.212.*   [20]刘美娟   2018-12-11 11:15
您好,我想请教一下microRNA靶基因预测的问题。我知道预测软件有很多,如RNAhybrid, PicTar, miRanda等,但是没有搞懂怎么用。预测之前,是需要先有3’UTR对么? 3’UTR应该怎么获取?但是我也不知道某条microRNA对应的是哪条3’UTR,是不是可以将批量的3’UTR与我的一些microRNA分别输入进去?软件自己去筛选比对?打扰您了,谢谢您!
IP: 119.119.78.*   [19]马悦   2018-12-4 14:02
在你查转录因子的那片博文中,genecards查找,在输入基因后的下一步找不到see all the qiagen
我的回复(2018-12-4 18:47):同时,你可以看一下这两篇博文,或许对你有帮助:
如何查找基因的启动子及预测转录因子?
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1509670&do=blog&id=1032139
启动子和转录因子结合位点预测
http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=1509670&do=blog&id=1066690
IP: 123.101.119.*   [18]郑晓伟   2018-11-15 20:42
熊博士,求教ualcan,摸索不到红绿箱式图
我的回复(2018-11-22 17:25):ualcan是什么
IP: 113.56.232.*   [17]李雯娟   2018-10-16 19:25
熊博士,可否推荐一个靠谱的培训班?
我的回复(2018-11-22 17:26):培训班很多,这个我不推荐
IP: 221.11.67.*   [16]蒋艳菲   2018-10-2 20:46
在网上看着装DESeq没成功,报错如下local({pkg <- select.list(sort(.packages(all.available = TRUE)),graphics=TRUE)
+ if(nchar(pkg)) library(pkg, character.only=TRUE)})
错误: 找不到‘DESeq2’所需要的程辑包‘S4Vectors’
看到您的帖子,觉得有希望帮助到我,特求教,感谢!
IP: 218.29.60.*   [15]icefire123   2017-9-5 17:39
熊博士您好!请问您使用过cluego吗?能否推荐一个可正常运行的cytoscape + cluego 版本组合?先谢过!情况是
; 我原来用cytoscape 2.8.2 + cluego 1.7.1,处理小麦芯片探针,非常流畅;后来更新,软件瘫痪。重装cytoscape 2.8.2 + cluego 1.7.1,运行后没有GO terms。 升级新版本cytoscape 3.4.1 + cluego 2.3.1,可运行,但也不能计算出结果,没有GO terms。看到您对该软件有研究,特求教!
我的回复(2017-9-7 00:43):这个很久没用过了,你需要查查资料或者问问别人,抱歉
IP: 75.140.7.*   [14]赵明磊   2017-6-27 08:29
熊老师好,Primer Premier 6.0不能下载了,能否传给我一份呢,先谢谢了!我邮箱是zhaominglei503@126.com
我的回复(2017-6-27 16:29):文件比较大,你在这里下载一下吧
http://pan.baidu.com/s/1hsN2piG
IP: 112.82.70.*   [13]zqp000   2017-3-30 19:40
大神,我们对数据做好Go分析,您知道怎么选择具有最大数量的重要GO项的模块在Cytoscape软件中可视化吗?
我的回复(2017-3-31 14:40):用DAVID做吧
IP: 112.82.70.*   [12]zqp000   2017-3-29 19:06
您好,请问在r语言中数据网络的节点分布图怎么画?
我的回复(2017-3-29 23:16):这个。。。。我也不会。。。
IP: 1.180.235.*   [11]houzhe   2017-3-28 17:01
您好,请问ABI_SOLID (AB SOLiD 4 System)的接头序列怎么才能找到呢
IP: 122.96.177.*   [10]zqp000   2017-3-10 22:38
您好,请问cluster里面的算法怎么调用,我做的是MCL算法
IP: 114.251.216.*   [9]聂虎帅   2016-8-19 17:55
谢谢老师,还想请教您一下:miRNA的MFE值去哪可以查到?还有怎么预测是否为保守的miRNA ?
IP: 114.251.216.*   [8]聂虎帅   2016-8-5 11:34
是的老师,已知名称了!
我的回复(2016-8-18 09:12):那就直接在miRBase库中找一下,就知道了
IP: 114.251.216.*   [7]聂虎帅   2016-8-5 11:33
是的,老师,已知了。
IP: 114.251.216.*   [6]聂虎帅   2016-8-4 21:43
您好:我想请教一下:有没有一个网站可以直接预测一些miRNA属于哪个家族?
我的回复(2016-8-4 23:03):你是已知这个miRNA的名称了么?

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