我们要获得100个基因的启动子序列（ATG上游2k），我知道了这些基因atg的位置。

  我习惯举例子来说明问题，小麦3B染色体序列我们已经有了，fasta格式  ，格式如下：

>3B

CAACCAGAAAATTCTTTGGTAGGCATGAAGGTCTCTGTCACTTGTTCGCCGTTGCTTCAA

ATAATAAAGATCAATTATGCTGATTTTGTTGGGCCTAATACAAACTTGATTTACAAAATA

AATAACATGTAGAAAACAAACCTTGATTGCAATTATAATTTTTTCCTTAAGGTATACATT

GGTGGGAGAAGAAGTCCAACCAGTCATTTTCTCAATGTGATCCAATCAACTTAGCAACAA

TAACGATCCTTGGTTTGACATAATTAATTCCACCACAAGGTTGGTGATGCACCCAACTTC

TGAGCATTGGTGACCTAAACGCACAAGGAGGTTTGCTAGTAAAAACTAAGGAGAGTGCAC

GGTGCAGTTATGATTAAGATCAATAGTGGTAGTTCAGTTTTAACTTTTTGCAATCACAGA

GTCTTCTATTCATCCCGTTGCCTCCTATTACAACAATTTCTTCTATCTTTTGTTCCTCTT

GCATGCTCTACATATTTATACCTAAGTTCAACTATCTCATGAAATACTAAGATGGTGTTG

假如我要获得这条序列的第3-10个碱基，和第11－20个碱基

要提取的序列及位置信息放在1.txt

3B    3    10

3B    11    20

脚本 fastalocation.py

python fastalocation.py 3B.fasta 1.txt > 1.fa

fastalocation.py