博文

gvim和R的互动

2012-8-28 03:16

在ubuntu (linux)系统下，虽然R有某些版本的界面，但是如果用编辑器调用R的话，还是会方便很多。曾经尝试过用 ess 协调 emacs和R， 但是发现emasc不是很好用。比如一不小心跑一个大的程序，整个emacs就死悄悄了。 后来用gvim 去调用R, 发现好用了许多。 主要是安装gvim的一个插件： Vim-R-plugin。 在这里记录下全过 ...

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抓个纪念

2012-5-1 03:04

上篇博文提到的发表在Journal of Mathematical Biology的文章，近来收到的关注不少，从近90天杂志统计的下载排名可以看出，我的文章明显hot，排首位了：）

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元基因组谱分析(metagenomic profile)的非负矩阵分解框架

热度 1 2011-6-8 09:11

介绍一篇自己最近刚发表的小文，还新鲜着，欢迎各位老师同仁指正和交流！ 简单介绍下，详细见文章免费下载网址： http://www.springerlink.com/content/t6t2536581304492/ 在元基因组学研究中，首先要将元基因组的数据（或短或长的reads）转化成各种谱矩阵来分析。比如说代谢谱（metabolic profile）矩阵, 物种分类谱（tax ...

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metagenomics几个研究热点

2011-4-28 12:10

元基因组学（ metagenomics ）几个研究热点 简介 元基因组（ metagenome ），或者翻译成宏基因组，就是直接通过高通量测序手段测取一个微生物的生态环境（比如人的肠道、口腔；海水、土壤等）内部的 DNA 序列，以此为基础研究这个生态环境的物种多样性以及 ...

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图（网络）上社团稳定性

热度 1 2010-8-7 22:48

最近读到一篇很有意思的文章， Stability of graph communities across time scales PNAS,2010 有意思的地方在于，基于一个Markov Chain的自协方差，定义了时间尺度上的社团稳定性指标，将以往看上去没有任何关系经典的社团提取方法都联系到了一个框架里。他们分别是：N-cut, modularity, spectral clu ...

个人分类: 科学笔记|5476 次阅读|3 个评论 热度 1

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