宏基因组分析的第一步是质量控制，主要包括adapter和低质量序列的修剪与去除。

工具：Trimmomatic

网址：http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic

引用：Bolger, A. M., Lohse, M., & Usadel, B. (2014). Trimmomatic: Aflexible trimmer for Illumina Sequence Data. Bioinformatics, btu170.

1.1简介：

Trimmomatic用于快速对fastq文件进行低质量序列去除和ILLUMINA数据接头去除，包含双端测序和单端测序两种模式，不仅可以直接处理fastq文件也可以直接处理压缩包中的fastq序列文件。

1.2 安装

trimmomatic是一个java程序，http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic直接下载后解压缩即可。

1.3使用方法（对于Pair-end测序数据）

java -jar /home/sam/software/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jarPE input_forward.fq.gz input_reverse.fq.gz output_forward_paired.fq.gzoutput_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gzoutput_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36

java -jartrimmomatic-0.35.jar                 调用trimmomatic

PE                                                           Pair-end，双端测序数据

input_forward.fq.gz                                 正向序列

input_reverse.fq.gz                                 反向序列

output_forward_paired.fq.gz                   修剪后的正向序列（后续分析用）

output_forward_unpaired.fq.gz               未匹配的正向序列

output_reverse_paired.fq.gz                   剪后的反向序列（后续分析用）

output_reverse_unpaired.fq.gz               未匹配的反向序列

ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10  去除adapter

LEADING:3                                             去除头部序列质量低于3的序列

TRAILING:3                                            去除尾部序列质量低于3的序列

SLIDINGWINDOW:4:15                         用一个四碱基宽的滑动窗口（阅读框）扫描序列，窗口中的碱基平均质量低于15则剪除该窗口中的碱基

MINLEN:36                                             将reads长度小于36个碱基的序列去除

这个版本已经可以自动检测phred+33和phred+64，关于phred的问题参见

http://blog.sciencenet.cn/blog-630246-813262.html