2024年(1)：利用深度学习方法生成大规模类药/类天然产物库—环结构识别新方法发展与应用

徐志建 2024-4-10 20:28

环状化合物在药物研发中占据极其重要地位。在 2021 年销售额排名前 200 的药品中，有 113 种药物为小分子药物，而其中有 112 种小分 ...

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[转载]2023年(4)：中药复方治疗新冠病毒感染研究成果在《美国科学院院刊》发表

徐志建 2024-1-17 11:29

文章导读： 日前，以“化湿败毒方”为研究对象的中药复方治疗新冠病毒感染研究成果在《美国科学院院刊》（PNAS）发表，为说明白、讲清楚中药复方作用机理提供研究范式—— 揭开“大疫良方”的神秘面纱。 在中国中医科学院中药资源中心实验室，一台质谱仪正在高速运行，它犹如科学家的“慧眼”，将 厚朴 、 ...

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2023年(1)：卤键与氢键微环境偏好性研究

徐志建 2024-1-17 11:11

卤键与氢键微环境偏好性研究 非共价相互作用，包括氢键（ HB ）、卤键（ XB ）等，在蛋白 - 配体识别和理性药物设计中发挥着重要作用 1 。 HB 和 XB 不仅能用于优化配体的结合亲和力，而且对小分子的 ADME / T 性质也有显著影响 2, 3 。因此，准确计算它们对配体结合亲和力的贡献非常 ...

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[转载]2023年(3)：An updated ETCM v2.0 database for TCM research

徐志建 2023-12-26 21:03

有关中医药的自主知识产权开源数据库——中医药百科全书（ETCM）已于2018年底上线，截至目前， 该数据库已 被 198 个国家或地区访问，总访问量为 56 万次 。 该数据库的研究论文已于2019年在国际著名期刊《核酸研究》（《Nucleic Acids Research》）发表，至今已被他引279次，并 入选“ ESI 高被引 ...

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2023年(2)：基于多构象对接、配体相似性搜索和深度学习的综合性靶标预测与虚拟筛选平台D3CARP

徐志建 2023-12-26 20:30

药物与靶标相互作用（ Drug-target interactions ， DTIs ）的识别是创新药物发现的关键一环，也是分子结构优化、药物重定位、药理机制探索以及药物潜在副作用早期预警等相关研究的重要基础。近年来，人工智能药物设计（ Artificial Intelligence for Drug Discovery ， AIDD ）已成为备受关注的药物研究策略之一 ...

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[转载]2022年(5)：广谱抗冠状病毒药物的靶标蛋白计算研究

徐志建 2022-9-7 10:32

2019 年末由 SARS-CoV-2 引发的新冠肺炎（ COVID-19 ）给人类健康和全球经济发展带来了严峻挑战。除此之外，人们还发现了其它 6 种具有人类致病性并可人传人的冠状病毒，包括 4 种致病性较低的 HCoV-229E 、 HCoV-OC43 、 HCoV-NL63 、 HCoV-HKU1 病毒，以及 2 种传染性和致病性都很高的 SARS-CoV ...

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[转载]2022年(4)：核酸与含卤配体之间的卤键作用

徐志建 2022-9-7 10:07

卤键是一种被广泛应用于药物设计和材料科学等多个领域的非共价相互作用。含卤配体中的卤原子由于其电荷分布的各向异性，其顶端往往会形成一个带正电荷的亲电性区域（ σ-hole ），这一区域可与亲核基团相互吸引。含卤配体与蛋白质靶标之间的卤键作用已得到广泛的研究。核酸（ DNA 、 RNA ）也是重要的药物靶标。由 ...

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[转载]2022年(3)：增强采样算法副本交换分子动力学之变形论

徐志建 2022-4-28 21:21

全文速览 蛋白质作为生命活动中关键的一类生物大分子，其功能发挥往往伴随着构象变化。分子动力学 (MD) 模拟能够从原子水平上观察蛋白质的动态信息，然而常规 MD 采样效率低，且易陷入局部极小值，因此一系列提高 MD 采样效率的增强采样算法应运而生，其中副本交换分子动力学 (REMD) ...

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2022年(2)：新冠病毒刺突蛋白N端结构域免疫逃逸机制的计算模拟及预测

徐志建 2022-2-25 11:04

由新冠病毒（ SARS-CoV-2 ）引起的严重呼吸道感染疾病新冠肺炎（ COVID-19 ）已经流行了两年多，但在世界范围内仍未得到有效控制。自疫情爆发以来，刺突蛋白上的受体结合域（ RBD ）一直备受关注 1-4 ，相比之下，人们对刺突蛋白上的另一重要区域 --N 端结构域（ NTD ）的突变对抗体亲和力的影响以 ...

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