生物学的研究基本上不会用到除了初等数学之外的数学内容，在现代生物学的科研论文里面也基本上看不到任何高等数学的公式，但是当你翻开任意一篇生物信息学的论文的时候，在你眼前的是长篇累牍的矩阵、微分、差分等高等数学方程和模型。我觉得现在生物信息学的发展是过度数学化的。

数学与生物信息学的关系可理解为形式和内容的关系，他们之间的桥梁是生物学。数学本质上是一种工具，而生物学本质上是内容，形式是为内容服务的。自然科学的数学化是自然科学发展的必然趋势，但是我们在现阶段生物学的数学化还很缓慢的今天，不能让生物信息学这一生物学的分支过分的表达形式化，应该注意其生物学本质。现在的数学已经不是生物信息学发展的工具了，更像是一把枷锁限制了生物信息学走向正轨。

数学的计算只能体现对实验结论的精确性，但它不能保证结论的正确性，因为，结论的正确性不仅依赖于过程的严谨，更重要的是还依赖于实验基础的正确。以前有学物理的人告诉我从数学角度来说，地心说的数学逻辑演绎的精密程度与日心说的精密程度是一样的，但是事实就是日心说是正确的，而地心说是错误的。因此一切的数学推导都应该建立在试验的基础之上，现代分子生物学实验越来越远离了数学，所以生物信息学的过度数学化是不正常的。

我们会发现《Bioinformatics》的影响因子不是很高，但是按照理论这种做方法的杂志应该是会影响因子很高的，我觉得很大的原因就是这上面的文章都太远离“正常”的生物学研究了，这样就导致生物学家根本就不会去看这些文章。按照生物学家的理论就是你用了那么复杂的推导，经过了那么多的步骤，反映的早就不是生命本生的现象了，是没有意义的工作。

总之，我们不能否认数学给自然科学所带来的重大意义，特别是物理学上的贡献是巨大的，但同时更应清醒认识这种方法所产生的负面效应。我觉得我们现在生物信息学的研究应该是建立在分子生物学基础之上的理性数学演绎。