统计分析
生物地理学,微生物地理,生态学领域相关统计分析基础入门
(ps:本人罗列,侵权必删)
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统计学图鉴 作者:栗原伸一 译:侯振龙
R语言实战 作者:Robert I.Kabacoff 译:王小宁
数量生态学——R语言的应用 作者:Daniel Borcard 译:赖江山
1. 数据转化与标准化
阅读文章时遇到数据转化与标准化不理解,可查阅这个:生态学数据转化
2. 差异性检验
2.1. 方差分析
了解单因素方差分析和双因素方差分析的目的即可,感兴趣可以了解方差分析算法和原理(不要求掌握)。详见:方差分析原理
了解原理后,继续看这个:方差分析R实现
方差分析,除了单因素方差分析和双因素方差分析,还有单因素协方差分析,重复测量方差分析,多元方差分析,这些不要求掌握。
2.2. t检验
了解目的即可,感兴趣可了解算法原理(二)假设检验之——T检验 - 简书 (jianshu.com)
了解原理后,通过R实现,看这个:R语言实现-T检验 - 简书 (jianshu.com)
t检验,掌握独立样本t检验即可,感兴趣可继续学习配对样本t检验。
Q:配对样本t检验与独立样本t检验的区别?
3.相关和回归分析
了解相关和回归的原理和目的,区分二者的区别,详见:R语言统计-相关和回归分析
掌握相关与回归分析的结果解读:相关分析一篇概全,统计学之相关与回归分析 - 简书 (jianshu.com)
4.alpha多样性分析
群落微生物多样性按照研究区域的大小,可分为α、β和γ多样性。α多样性是指一个特定区域或生态系统内的多样性,经常用物种丰富度来度量; β多样性是不同生态系统之间多样性的比较,是物种组成沿环境梯度或者在群落间的变化率,用来表示生物种类对环境异质性的反应; γ多样性是指大区域(地理区域)上总的多样性。
了解原理即可:群落多样性-Alpha指数
5.Beta多样性分析
在研究beta多样性的时候,有两种常用的方法。
第一种是通过,γ和α直接计算得到。比如:γ-α、γ/α。
第二种,则是通过降维排序的方式得到。
大致了解原理即可:
R实现:
在不涉及环境变量时,我们常用的有两种,PCoA和NMDS。
基于R语言的微生物群落组成多样性分析—β多样性之PCoA分析
Q:PCoA和NMDS的区别是什么?