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基于Mash进行宏基因组数据相似性比较

已有 3625 次阅读 2020-9-5 07:39 |系统分类:科研笔记

1、Mash软件安装


采用sourmash软件进行Mash距离计算,安装采用conda平台,如下:

conda install -c bioconda sourmash

安装过程可能会失败,重复尝试。


2、计算过程如下:

#显示几个最优K

sourmash compute *.fq 

sourmash compute -k21 --scaled 100000

# 比较所有signature文件

sourmash compare *sig -o Wu_metagenomes

# 比较结果绘图

sourmash plot --labels Wu_metagenomes

生成Wu_metagenomes.dendro.pngWu_metagenomes.matrix.png两个文件,分别是树形图,还有热图+树形图



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