[转载]DnaSP(基因多态性分析软件)

吴潇 2022-9-21 15:02

DnaSP(基因多态性分析软件)是一款专业的DNA比对分析软件，多用于分析核苷酸多态性。属于生物、医学领域。DnaSP可通过合并估计，分析置信区间,输入比对后的DNA序列文件，进行基因多态性分析,其结果通过表格和图形的形式显示。 下面我们就来介绍一下DnaSP分析序列的使用方法。 操作步骤 打开DnaSP ...

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[转载]群体结构图形——structure堆叠图

吴潇 2022-4-2 08:20

1、structure图的由来 图1 假设群体亚群数等于3（k=3）的情况下的structure分析结果 “Structure图”名词本身来自这种图形的分析软件——STRUCTURE。这个软件是由斯坦福大学Pritchard实验室开发的一款群体结构分析软件，最早在2000年发表在《Genetics》上 。 图2 structure惊人的引用次数 Structure ...

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基于Mash进行宏基因组数据相似性比较

吴潇 2020-9-5 07:39

1、Mash软件安装 采用sourmash软件进行Mash距离计算，安装采用conda平台，如下： conda install -c bioconda sourmash 安装过程可能会失败，重复尝试。 2、计算过程如下： #显示几个最优K sourmash compute *.fq sourmash compute -k21 --scaled 100000 # 比较所有signat ...

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[转载]TBtools修饰motif结构图

吴潇 2020-8-22 10:43

如果感觉MEME自动生成的motif结构图不够美观，还有用TBtools进一步对其进行美化。 1. 首先需要下载MEME生成的MEME.XML文件或者MAST.XML文件。 2. 打开TBtools软件，选择“Amazing Optional Vlewer“ 3. 导入*.nwk文件和MAST.xml文件，改变“Width”、“ Height”数值可以调整图片比 ...

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[转载]MEME在线网站查找motif步骤

吴潇 2020-8-22 10:31

一、序列处理 将所获得的序列在NCBI网站上进行ORF预测（网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/），然后选定目标ORF区并下载相应的蛋白序列，具体操作如下图1和图2。 图1 图2 在图2界面左下角点击smart blast（图3），可获得与目标蛋白序列比对相似度较高的其它物种的蛋白序列，勾选相应的参比蛋白 ...

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[转载]在线做LEfSe分析

吴潇 2020-8-20 07:44

LEfSe分析，可以分析组间菌群差异，可以找出各组间特异的主要菌群，有助于开发biomaker等研究。其实我们自己也可以进行Lefse分析，只需要按照要求整理好相应的表格即可，下文是具体步骤及示例数据，大家可以自行进行尝试。 数据准备 输入文件环境样本丰度表，处理的格式如下图所示： 数据摘抄于网上。 第 ...

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[转载]EasyCodeML开放测试

吴潇 2020-8-19 16:20

对于基因或基因组的进化分析，特别是正选择的检测以及不同分支的选择约束，PAML是最常用的工具包，而CodeML是其中最核心的一个程序，但晦涩的参数设置，着实让不少初学者望而却步。 　　 我们新开发的EasyCodeML让新手也可以进行CodeML分析，只需要输入比对好的序列文件和对应的树文件即可运行。 　　 程序提供两 ...

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