所谓选择分析，就是研究物种在进化过程中是否受到选择。研究的对象一般是DNA的序列，通过DNA序列的比对，获得vcf文件。vcf文件存储的是个体与参考基因组比对获得的snp信息，通过对snp的分析获得物种之间的选择信息。

        选择如何理解：这里可以举一个例子，例如：在人们选育玉米时，某个snp位点与玉米的株高相关。人们通过不断选育株高，而使得选育后的群体，该位点snp比例升高，高于正常的遗传漂变概率。当我们在进行snp的选择分析时，能够检测到该位点的信息与其他位点存在显著不同。这就是一般的选择分析。

        选择分析的方法主要包括：Hardy-Weinberg平衡检测，Tajima's D，Fst，π。

        Hardy-Weinberg平衡检测计算的是，单个snp位点的基因型频率。而Tajima's D是对群体的snp进行分析，分析群体是否受到自然选择的影响。Fst检测的是两个个体之间的亲缘关系远近。π检测核苷酸多样性，越大说明核苷酸多样性越高，越低说明两个座位DNA序列差异越小，π检测的主要是单个位点的核苷酸多样性。