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RAD-Seq

已有 5210 次阅读 2017-6-2 16:59 |个人分类:Variant|系统分类:论文交流

1. 原理

如果一个SNP位点位于一个限制性内切酶识别区,该位点的不同碱基会就会导致限制性内切酶的切割与否。这样切割位点附近的序列就成为了该位点多态性的标签。测序这些标签,比较不同,就可以检测出多态性位点。


2. 步骤

A. 用限制性内切酶做全基因组的切割,在切割点连接P1 adapter 序列

B. 进一步超声片段化,多样品混合

C. 连接P2 adapter 序列

D. 只有成功连接了P1 和 P2的序列被扩增测序


Baird, Nathan A., et al. "Rapid SNP discovery and genetic mapping using sequenced RAD markers." PloS one 3.10 (2008): e3376.

Miller, Michael R., et al. "Rapid and cost-effective polymorphism identification and genotyping using restriction site associated DNA (RAD) markers." Genome research 17.2 (2007): 240-248.



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