学习笔记：两个perl模块

陈昊 2012-6-22 08:06

1. DB_File 这个model可以将一个hash table 存储到硬盘上。 write.pl #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use DB_File; my %hash; tie(%hash,"DB_File","test.db") or die "$!\n"; $hash{"key"}="Hello World!"; read.pl #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use DB_ ...

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学习笔记：几个有用的perl的模块

陈昊 2011-8-6 09:04

索引 1.Parallel::ForkManager perl的一个简便的多线程叉口，用在for/while等循环体中。 2.Bio::DB::Fasta 读取各类格式的序列的模块。 3.Bio::SearchIO 读取各类blast结果的模块。 4.Bio::Search::Tiling::MapTiling 重叠blast结果中，同一个subject 序列的多个HSP ...

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blast2go本地安装，一个防火墙设置引发的血案

热度 4 陈昊 2011-4-24 15:39

PS: 一直弄不好，纠结着，早上醒来发现流鼻血了，故有此噱头... 背景：顺风顺水... 前几日想用blast2go给一系列gene加上GO信息，画个饼图，老板说行. 没想到纠结了许久，最后差点被防火墙玩死,记录如下.. 1. 老板说，blast找序列只能用拟南介和玉米数据库，不能nr，好嘛 我替换用了他们的(g ...

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perl的代码阅读-1

热度 2 陈昊 2011-3-22 04:10

---阅读对象：某code ---字典：perl doc 片段1： @sortedlist=reverse(sort { @tempa = split(/t/,$a); @tempb = split(/\t/,$b); $tempa cmp $tempb || $tempa = $tempb ; } @temp); 笔记： $tempa cmp $tempb || $tempa = $tempb ; 先比较ID并排序（字符），如果一 ...

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小鼠的生物信息实验操作总结--调侃效率

热度 2 陈昊 2011-3-8 15:07

最近我被老板的绝招打败了，心服口服。 有感之余，决定总结一把自己在用的，一级刚刚学到手的各类效率秘籍，算是个总结笔记吧。如果对其他人有帮助，那本鼠就更开心了。同时欢迎各位来本博客做做，磕磕瓜子，交流交流生物信息的各种心得，事实证明：生物信息跟拿基因枪一样，都是手艺活嘛. 我只臭屁的希望若有哥们觉得有点 ...

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