留言板
- [17]fengyixin1
- 求认识。我是一名创业者。试图在蛋白质晶体学的耗材上有所建树。希望能加个好友。115527148qq
- [16]lingyigewo
- 你好，想请问你一下，native晶体没有同源结构，想用硒代解决相位，但是硒代蛋白无论是在原来相同或类似的条件，重筛都不长晶体，怎么办？有什么建议吗？ 谢谢！
- [15]董文鸳
- 尊敬的用户：
您好！若您有使用Google Scholar的经历，我们诚恳地邀请您参与“科研人员使用Google Scholar的影响因素”的问卷调查。网址是：http://www.sojump.com/jq/2979618.aspx。非常感谢您的配合
- [14]李蕾
- 老师您好，我是南京理工大学经济管理学院管理科学与工程专业的一名博士生，最近想做一份用户打标签行为的调研（就是您在发表博文时会让您给博文添加标签），但是我缺少研究数据，恳请您在百忙中抽空帮我填写一份问卷，问卷大约需要您5分钟的时间，非常感谢您！！
问卷地址是：http://www.sojump.com/jq/2709468.aspx 将此链接复制进浏览器的地址栏，然后按回车键即可，非常感谢您！！！
- [12]高小攀
- 哥们，有电话联系方式么，我半年为晶体分辨率低而苦恼，希望得到你的帮忙。
- 我的回复(2012-8-22 14:57)：电话就不必留了吧！做结构就是这样，有很多运气在里面。提高分辨率常见的方法就是脱水和退火，实在不行重新构建新的片段截去disordered region。其它一些具体手段要看蛋白了。多查些蛋白的背景资料，根据功能在表达纯化上做些优化也许会有用处。祝好运
- [11]shirlycanwin
- 你好，你没有QQ号吗？
- 我的回复(2012-6-2 11:33)：420399477
- [10]shirlycanwin
- SAD解得，解出来了，QQ聊呗
- [9]shirlycanwin
- 谢谢你的回复，我的结构已经开始解了，找了个牛人帮忙的，差不多解完了。以前我们这的夏老师也是做重原子解相位的，不过现在用的人不多了。你是生物物理所的吗？能留个QQ号吗，交流一下，呵呵。
- 我的回复(2012-5-31 02:04)：怎么解的？
- [8]shirlycanwin
- 谢谢你的回复。我先做分子置换看看，不行就泡重原子，泡重原子的话应该从哪种开始筛呢，有没有现成的protocal呢。我对晶体简直一窍不通啊，我们实验室是做核磁的，这个蛋白是做不出核磁来才做晶体的，本来想收到好数据结构就能解出来了，没想到，哎。明年就毕业了，着急啊。还有，泡重原子的话对身体有没有影响啊，听说有毒的，我是女生~
- 我的回复(2012-5-29 10:34)：重原子有一定毒性，但是只要防护好就没有任何问题，中国大部分实验室大概2001年以前都是泡重原子解没有同源蛋白的相位，也没见他们有什么问题。重原子的筛选比较费时间，要慎重（你做突变更快一些）！如果你决定泡重原子，建议从被称为magic seven的这几个开始试：K2PtCl4, KAu(CN)2,K2HgCl2,UO2(C2H3O2)2,HgCl2, K3UO2F5, PCMBS.祝成功！
- [7]shirlycanwin
- 你好，我也是做结构的，最近长了一颗晶体，在SSRF收到2.5埃的衍射点，空间群P23，各方面都非常好，但硒反常散射信号几乎没有，因为甲硫氨酸在第4位和第5位上。现在考虑分子置换，泡重原子和突变。看您是高手，能否解答我的几个疑惑，同源结构在哪里搜索的，我在BLAST上找到一个序列同源性33%的同源结构，但它有900多个残基，我的蛋白只有110个。还有泡重原子应该怎么试呢？突变的话呢？非常感谢！
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我的回复(2012-5-25 21:38)：你好，首先我不是高手，我们实验室是做仪器方面的不是做结构的，我只是对结构感兴趣在跟别人合作做一个蛋白。Met在N端和C端一般不会有信号，搜同源结构的话，可以直接去PDB里搜，“高级搜索-序列”然后直接输入序列就可以。你可以单独把那个900多个氨基酸的Pdb文件下载下来，用VIM或者gedit修改一下，把不同源的结构信息删掉，然后把同源的那部分结构做分子置换试试，不过不一定成功。我的蛋白有400多个氨基酸，除去N端和C端只有2个Met，硒代没信号。所以只能泡重原子，很庆幸的是泡了第一种重原子就找到了相位。突变其它氨基酸为Met,好像没有什么特别的窍门吧，只能试！不过建议不要突变结构预测为二级结构上的氨基酸，而且被突变的氨基酸与Met不能差别太大。
我也是新手，咱们共同进步！
- [6]高小攀
- 谢谢你的回复；
- [5]高小攀
- 哥们，你好，我是医科院的一名博士生，现在遇到了晶体不衍射或者衍射只能达到8-9埃的晶体，想从你来学习些经验。如果有相应的protocol是否给我发一份。十分感谢。我的邮箱383365989@qq.com
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我的回复(2012-5-9 15:05)：你这说的也太笼统了，首先，你的蛋白稳定性如何？均一性如何？等等。。。你需要说的更清楚一些。你的晶体长得有多大？如果晶体特别小，比如只有0.05的LOOP才能捞起来，那么可以可以直接去同步辐射试试收数据，我遇到过一次在所里X光机上只有8埃，但是到了同步辐射一下衍射到2点几埃，这可能是因为家里的机器X光太弱，其实高分辨率区是有衍射点的，只不过晶体小而且光弱，所以显示出来的只有8-9埃；
其次，你的蛋白性质如何？http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/这个网站可以预测蛋白的二级结构，非常准！它预测的准确率有时可以达到80-90%；可以参照预测结果重新构建去掉蛋白中一些摆动较大的区域；
再次，添加剂和去垢剂试剂盒筛选，还有我上面说的脱水，你试过吗？可以试一下，脱水很简单，我的习惯做法是，配比原先长晶体的池液高一些的沉淀剂池液（比如长晶体的池液是0.2M柠檬酸铵，20%PEG3350的话，你可以配0.2M柠檬酸铵，30%PEG3350）然后把原先长出晶体的盖玻片取下来（0.2M柠檬酸铵，20%PEG3350），放到沉淀剂浓度高一些的池液（0.2M柠檬酸铵，30%PEG3350）上，密封好；脱水时间和沉淀剂的浓度都是需要根据衍射结果的改善情况进行优化的。如果晶体脱水太剧烈以至于晶体出现裂痕甚至挛晶，则需要梯度脱水；如：先在0.2M柠檬酸铵，25%PEG3350脱一下水，到一定时间后，再在0.2M柠檬酸铵，30%PEG3350脱水。这里需要说一下，有些条件下的悬滴表面会有一层膜，需要把它划开，然后再脱水；
总之，长晶体没有什么法宝，只有不断得试。听说施一公他们实验室有个人试了上千颗晶体才得到不错的数据。
- [4]高小攀
- 你好，你在博文中提到“这三个人的晶体刚开始都没有衍射，其中的两个人（Gui Wenjun和Wang Lican）对晶体进行了脱水，另一个人在4度长晶体（让晶体长得慢一些）。综合了三个人的解决方法，我采取了尽量减缓晶核形成的速率并缓慢脱水的方法，结果9月份的某天我拿到所里X光机上照，终于衍射了，可是分辨率只有8、9埃，这是坏消息也是好消息，这说明脱水的方法还是奏效的，继续脱水。在11月12号那天晚上晶体终于衍射到3埃以内了！当时那叫一个兴奋，因为毕竟我是在没有一个人帮助的情况下长出了较高质量的晶体”。我的晶体也是不衍射，优化半年多了。真希望得到你的真传，此外，能否把那3个论文供我参考下。希望得到你的答复。
- 我的回复(2012-4-20 15:48)：那三本毕业论文是存放在我们所图书馆的，不外借。脱水（dehydration）和退火（anealing）你试过吗？可以试试！另外，个人觉得与其把大量时间浪费在优化晶体上，不如构建更稳定的片段（通常都是构建protease-resistant core domain，当然这些都是在不影响蛋白功能和整体结构的前提下才可以实施的），通过截去蛋白N端或C端disordered region来提高分辨率，仅供参考！
- [3]高小攀
- 能否就提高晶体分辨率提个建议。
- [2]郭锋
- 看来你也是一个刚开始结构生物学学习的同仁！我是个研一新生，对结构生物学很陌生，不知你可否给我推荐几本适宜初学者的结构生物学书籍？
- [1]科学网编辑部
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