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- JANEWANGJK55
- A contig is a contiguous length of genomic sequence.
A scaffold is composed of contigs and gaps. Gap length can be guessed by incorporating information from paired ends or mate pairs.
- JANEWANGJK55
- 1. 什么是Reads?
高通量测序平台产生的序列就称为reads。
2. 什么是Contig？
拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。
3. 什么是Scaffold？
基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454 Paired-end库或Illumina Mate-pair库，以获得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）两端的序列。基于这些序列，可以确定一些Contig之间的顺序关系，这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold。
- JANEWANGJK55
- N50 length:
A measure of the contig length (or scaffold length) containing a 'typical' nucleotide. Specifically, it is the maximum length L such that 50% of all nucleotides lie in contigs (or scaffolds) of size at least L.
- JANEWANGJK55
- 基因组拼接中常见的名词解释
Read：高通量测序平台产生的序列就称为reads。
Contig：拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。 Scaffold：基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454 Paired-end库或Illumina Mate-pair库，以获得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）两端的序列。基于这些序列，可以确定一些Contig之间的顺序关系，这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold。
Contig N50：Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs。将所有的Contig长度相加，能获得一个Contig总长度。然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序，如获得Contig 1，Contig 2，Contig 3...………Contig 25。将Contig按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Contig总长度的一半时，最后一个加上的Contig长度即为Contig N50。举例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Contig总长度*1/2时，Contig 4的长度即为Contig N50。Contig N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。
Scaffold N50：Scaffold N50与Contig N50的定义类似。Contigs拼接组装获得一些不同长度的Scaffolds。将所有的Scaffold长度相加，能获得一个Scaffold总长度。然后将所有的Scaffolds按照从长到短进行排序，如获得Scaffold 1，Scaffold 2，Scaffold 3...………Scaffold 25。将Scaffold按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Scaffold总长度的一半时，最后一个加上的Scaffold长度即为Scaffold N50。举例：Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold 3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold总长度*1/2时，Scaffold 5的长度即为Scaffold N50。Scaffold N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。
测序深度和覆盖度： 测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基 因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20M。
覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、 重复序列等复杂结构的存在，测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域，这部分没有获得的区域就称为Gap。例如一个细菌基因组测序，覆盖度是98%，那么还有2%的序列区域是没有通过测序获得的。
http://wenku.baidu.com/view/e40659fe9e3143323968937a.html
