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MrBayes block

已有 4354 次阅读 2011-10-22 15:03 |系统分类:科研笔记| block, rates

Begin Mrbayes;

charset ITS=1-1664;

charset rps16=1665-2616;

charset rps32=2617-3558;

charset trnLF=3559-4922;

partition favored=4: ITS,rps16,rps32,trnLF;

set partition=favored;

lset applyto=(1,2,3,4) nst=6 rates=invgamma;

unlink statefreq=(all) revmat=(all) shape=(all) pinvar=(all);

prset applyto=(all) ratepr=variable;

mcmcp ngen=10000000 printfreq=1000 samplefreq=100 nchains=4 savebrlens=yes;

mcmcp nruns=2 stoprule=yes burninfrac=.25;

mcmcp stopval=0.01 minpartfreq=0.05;

mcmc;

sump relburnin=yes burninfrac=0.25;

sumt relburnin=yes burninfrac=0.25;

end;

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