利用下代测序检测样品中的病原体

热度 1 倪帅 2015-9-18 17:23

最近我的工作台上总是出现一些奇形怪状的东西。上个月，组里从隔壁医院得到了一块肝组织，是一位小朋友换肝手术之后留下的。这块肝很奇怪，因为直到最后换肝的时候，大家都不知道这位小朋友的肝到底出了什么问题。大家非常疑惑，于是就把这块肝取了样品测了序，扔给我一堆测序结果，想让我找找其中有没有可疑的病原体。 ...

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用哈希高效实现NGS序列的k-mer检测

倪帅 2015-7-22 21:49

生物的DNA都是由四种碱基构成的，这四种碱基A,T,G和C的排列顺序包含了物种的所有遗传信息。这些碱基的任意一个排列可以叫做一个k-mer，其中k指的是这个排列的长度，例如 AATT就是一个4-mer。在分析海量的NGS数据时，有时会需要统计序列里的k-mer分布情况来估计测序数据的质量和覆盖度，检测基因组的重复度等等。举个 ...

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RNA病毒基因组组装指南

热度 3 倪帅 2015-7-3 22:02

从前几年的猪流感和埃博拉，再到上个月在韩国流行的MERS, 病毒的每次爆发都能使全球陷入一阵恐慌，病毒虽然没有真正在全球爆发，但是各国在预防上消耗的资源比在治疗上消耗的还要多。殊不知，病毒是世界上最简单的生物，简单到到很多人甚至不愿意把他们归为生物这一类，那为什么这么简单的病毒，每年冬天都会让那么多 ...

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用tophat和cufflinks分析RNAseq数据

热度 5 倪帅 2015-4-22 06:24

人的基因组一共有两万多个基因，但是这些基因不是每时每刻都在表达，在不同发育时期和不同组织中，基因的表达是不同的，一个检测这些表达的有效的方法就是RNA-seq，它结合了下一代测序的技术来对细胞整个的mRNA进行测序，从而确定每一个基因的表达量和表达区段，主要用在分析不同条件下细胞内基因表达差异和分析基因 ...

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唾液比你更懂你？

热度 1 倪帅 2015-1-11 09:49

“ 想重新介绍你给自己认识吗 ”? 这是美国一家有名的个人基因分析公司 23andMe 推出的基因测试服务的宣传口号。 99 美元，你就可以得到两百多条关于自己未来患各种癌症和遗传病的风险的预测，对各种药物的排斥反应分析，以及自己祖先的地域分布等等信息。要做到这些，你只需要将 2-3 毫升的唾液按照要求寄给他们，几天之 ...

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亚马逊雨林里的向导们

热度 7 倪帅 2014-11-30 19:50

这个暑假的大部分时间里，我是和这么一群人一起生活的：五六十岁却整天跟刀斧打交道，不会写字却一直战斗在科研的第一线，他们就是亚马逊雨林里的向导们。 叫他们向导一点也不夸张，他们个个在雨林里摸爬滚打几十年，对亚马逊雨林的熟悉程度超过任何人，他们单凭叫声就能分辨出几十种鸟类，凭气味就能确定大型动物的踪 ...

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热带雨林离我们有多远

热度 4 倪帅 2014-7-8 08:20

在 亚马逊雨林里 至今还进行着一项由美国科学家发起的，延续了三十多年的‘片段化’研究项目。它 将部分雨林砍掉， 在雨林里分离出来 一个 一个的‘ 孤岛 ’ ，这些孤岛有大有小 ，小的有几千平方米，大到几平方公里 。 孤岛之间有几百米的距离，中间铺满了被砍断遗弃在现场的树干树枝，在赤道烈日的暴晒下随时都能 ...

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你的实验室该买哪种测序仪？

热度 14 倪帅 2014-2-13 06:30

从2006 年沃森（和他老板 Craig） 的全基因序列作为第一个人类的全基因组序列被测出，到现在已有上千个人的基因组在网上公布了，现今的测序技术比 77 年的第一代测序技术 Sanger 法先进了不少，价格也下降到1000美元/人的基因组。我用图片介绍几个实验室常用的测序仪的各种优缺点，机器都来自 赫尔辛基大学测序中心， 我 ...

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C值悖论是由进化造成的吗？

热度 7 倪帅 2014-2-9 06:04

每一种生物中其单倍体基因组的 DNA 总量被称为 C 值（ C value ），每个物种的基因组大小不同，就会有不同的 C 值， C 值悖论 ( C value paradox) ，简单来说，指的就是在真核生物中基因组的大小和生物的复杂程度不相关的一系列现象，我们以为细菌的基因组大小就应该比酵母的小，酵母的基因组就应 ...

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