从首批公布的“双一流”学科建设名单来看，多数学科是对应于国内的学科目录中的一级学科，且是按照2012年学科评估排名来定的。中药学入选六个学校是因为学科评估有5个并列第二，药学只入选了2个是因为前两位没有并列。所以中国药科大学入选了中药学（并列第二之一）而不是药学（排名第三，没并列上）。马克思主义理论有6家学校入选，可能是因为学科评估中有121所学校参评。所以如果一个学科想多几个学校入选，那么要么在学科评估中多搞几个并列，要么多弄一些学校参评就行了。如果一个学科在学科评估中参评学校本来就少，比如航空宇航科学与技术，只有11家学校参评，那么只能选2个（北航和国防科大），那么西工大、哈工大、南航就会落选。可这种小众化学科就只有这么多学校开啊。还有少部分入选学科是参考了QS排名的学科分类和ESI的学科分类。而这不同分类体系对学科的归类和口径是不同的。所以出现了华南理工大学入选了农学学科，复旦大学入选了带有航空航天字样的学科（机械及航空航天和制造工程）等看似匪夷所思的事情。



      在国内学科目录中，“农学”作为一个学科门类，主要指加工之前的种植、养殖一类学科（包含作物学、园艺学、畜牧学、兽医学等若干个一级学科），不包含食品科学与工程这类的产后加工学科。食品科学与工程在国内目录中属于工学，而在ESI学科分类中被包含于农业科学。国内较早开设食品学科的也多是轻工业类院校（文革前就有），农业院校多较晚开设（改革开放后才有）。

在2012年第三轮学科评估中，华南理工的食品科学与工程一级学科位列第三（第一二位为江南大学和中国农大），所以它的食品学科没有进入建设名单。但由于华南理工以食品为主体的ESI农业科学学科全球排名前列，专家们简单套用ESI排名，入选了华南理工的农学学科，可实际上华南的农学主要代指的就是食品科学与工程。而按照国内学科目录，华南理工不但本科没有农学专业，硕博士专业里面也只有风景园林专硕一个农学专业。江南大学与华南理工有类似的情况，以食品为主体的农业科学学科已进入ESI全球排名前1‰，但由于学科评估中食品科学与工程位列第一，所以一流学科名单上已有“食品科学与工程”，就不写“农学”了。专家们为了自己的“标准”一刀切，不愿意把华南理工的“农学”改名叫“食品科学与工程”。

同样，专家们简单套用QS排名，入选了复旦的机械及航空航天和制造工程，而落选了西工大、哈工大、南航等院校的航天航空学科（第三轮学科评估3-5位）。事实上复旦的航空航天系是以前的力学与工程科学系，在2015年才改名。

要使一批学科进入世界一流行列，若干学科进入世界一流学科前列，却连如何对学科进行分类与统计都没有搞清楚。到底什么叫做“一个学科”？如前所述，如果按照国内的学科目录，农学代指一个学科门类，一个学校的农学学科门类整体成为世界一流，那么可能会有若干个学科成为世界一流，但是并不包含食品学科。而如果按照ESI的分类方法，“农业科学”（或者说“农学”）入选就只能说只有一个学科进入了世界一流，并且很有可能实际上只是这家学校的工学中的食品学科成为了世界一流，而并不包含国内学科目录中的农学学科门类中的任何一个学科。

首批一流学科建设名单是混用了QS排名、ESI排名和国内学科目录（教育部学科评估排名），同一个学科在不同的分类体系下可以有不同的名字与归类，现在出现了不符合国情的学科分类与统计。