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Circlize在线绘图环形热图 – bug修复版

已有 2306 次阅读 2022-9-24 15:37 |系统分类:科研笔记

最近有热心网友反映,我们的在线绘制环形热图貌似有bug,于是后台查了下代码,经查,果然是bug,并及时向circlize R包大神进行了反馈。

请大家在使用微生信过程中,发现bug及时反馈,反馈有奖哦!

Bug说明:标注样品名顺序反了

Bug危害程度:影响全网所有使用circlize绘制环形热图的教程、在线工具以及已发表论文中带有名字标注的图片(如果没有改代码的话)

Bug详细描述:

以官方页面Chapter 6 The circos.heatmap() function | Circular Visualization in R (jokergoo.github.io)为例:

模拟数据为:

图片1.png

excel打开后,R85行数值为:

图片2.png 

其中C10最大,C2,C3,C4为最小的3个。

在页面fig 6.7右侧图中,R85的情况为(下图左侧):

图片3.png

 从外到内的顺序是C1-C10(其中C2C3C4最低为蓝色,C10最大为红色),左侧这张图没问题,数值对应得上。然而,在页面fig 22中(上图右侧),R85的样品标注C1最大为红色,C7C8C9最小为蓝色。

对比左右两张图,发现:右侧样品名顺序反了

经过连夜修改代码,bug修复版在线环形热图绘制重新上线!

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

热图是我们论文中非常常见的一款图,使用颜色的深浅来代表数值的大小,直观且优美,深受人们的喜爱,一般我们使用的热图是矩形形式,circlize R包大神给我们带来了环形热图,让人耳目一新,微生信后台利用该包绘制环形热图。

1,打开绘图页面

http://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_circular_cluster_heatmap_plot_070

图片4.png

2,拷贝示例数据

图片5.png

行为基因,列为样品名。数值表示基因表达量。

3,拷贝并粘贴示例数据

图片6.png

4,修改参数,并提交

图片7.png

图片大小、颜色、字体大小等都可以个性化定制,以满足不同的绘图需求。

5,提交出图

图片8.png

图中gene6A组大于B组,且A-2最大,B-1最小,与数据保持一致,bug得到了修复。

没有预览就是没有出图,这时请参考示例数据,检查输入数据格式!

 

遇到文字截断,需要修改字体、调整字体大小等,请用inkscape编辑svg矢量图

微生信助力发文章,谷歌引用640+,知网引用480+ 

 




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