从David Baker实验室的网站上将该软件下载后，

tar -zxvf #####.tgz 解压进入\main\source\文件夹中， ./scons.py -j 4 mode=release bin 运行两小时后，结果显示build done, 再次运行 ./scons.py -j 4 mode=debug， 两小时后同样没有任何问题，./scons.py -j 4 mode=debug cat=test ，为运行测试作准备，然后输入 python test/run.py -j 4 --mode=release. 报错如下：

Error running unit test executable for protocols.test - not all tests may be availible.
     
Error running unit test executable for core.test - not all tests may be availible.
     
Error running unit test executable for basic.test - not all tests may be availible.
     
Error running unit test executable for numeric.test - not all tests may be availible.
     
Error running unit test executable for utility.test - not all tests may be availible.
     
Error running unit test executable for apps.test - not all tests may be availible.
     
-------- Unit test summary --------
Total number of tests: 0
  number tests passed: 0
  number tests failed: 0
Success rate: 0%
---------- End of Unit test summary
Done!

显然测试不通过。

cd ~/rosetta/main/source/build/test/debug/linux/4.13/64/x86/gcc/7/default 进入default 文件夹，输入：./core.test ScoreFunctionTest --database    /Rosetta/main/database   报错如下：

找不到libsqlite3.so文件， 

输入：sudo apt-get install libsqlite3-dev  

再次运行./core.test ScoreFunctionTest --database    /Rosetta/main/database  成功！

接下来继续运行测试：

python test/run.py -j 4 --mode=release  

成功！

2018年10月09日

接下来进行mpi编译，下载安装下列三个文件，缺一不可。

sudo apt-get install openmpi-bin openmpi-doc libopenmpi-dev

此处不建议自行下载安装openmpi

然后修改/etc/bash.bashrc文件

加入这一行：export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib 或者对应的openmpi文件下lib文件夹

source /etc/bash.bashrc

sudo ldconfig

再次运行

./scons.py -j 8 bin mode=release extras=mpi   成功

注：另外我注意到Rosetta官网上提示到需要将main/source/too/build/site.setting.topsail 文件复制为site.setting， 同时还需要更改site.setting中关于库文件的定义，如果上述方法不成功，可以试试这种方法。

2018年11月12日报错如下：

[cmliu@PCCE clpp1h]$mpirun -np40 AbinitioRelax.mpi.linuxgccrelease @input_files/options.short  
mpiexec_PCCE: cannot connect to local mpd (/tmp/mpd2.console_cmliu); possible causes:
  1. no mpd is running on this host
  2. an mpd is running but was started without a "console" (-n option)
In case 1, you can start an mpd on this host with:
    mpd &
and you will be able to run jobs just on this host.
For more details on starting mpds on a set of hosts, see
the MPICH2 Installation Guide.

解决方法： 在home文件下建立一个.mpd.conf   

赋予权限  chmod 600 .mpd.conf

运行  mpdboot

再次运行mpirun -np 40 成功！

2018-12-11

建立软链接,
sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openmpi/lib/libmpi_cxx.so   /usr/lib/libmpi_cxx.so.1

sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openmpi/lib/libmpi.so   /usr/lib/libmpi.so.12