科学网—bioseq的留言板

IP: 218.6.135.* [4]guojiazhong2010 2014-12-9 22:02

您好！不知道有没有做过RNA-seq数据的分析，看到你的分享的关于tophat-cufflinks体系的讨论，我在分析中也遇到一些问题！现在首先想问下，你手头有没有IGV的比较详细的在线或者离线说明文档，自己看了官方说明感觉还是粗糙！自己加载VCF文件后，好像页面并无多大变化。不知如何解决！！

IP: 1.83.78.* [3]李蕾 2013-9-16 13:55

您好，我是南京理工大学经济管理学院管理科学与工程专业的一名博士生，最近想做一份用户打标签行为的调研（就是您在发表博文时会让您给博文添加标签），但是我缺少研究数据，恳请您在百忙中抽空帮我填写一份问卷，问卷大约需要您5分钟的时间，非常感谢您！！
问卷地址是：http://www.sojump.com/jq/2709468.aspx 将此链接复制进浏览器的地址栏，然后按回车键即可，非常感谢您！！！

IP: 124.16.129.* [2]zengjingyao 2013-7-30 14:21

您好，我现在正在做转录本的构建，用的是Cufflinks这个软件，我想请教下您构建完转录本之后，如何去评估转录本的完整性，您有看过的文献或者是您知道哪款软件能做吗，谢谢。

IP: 120.197.98.* [1]林海 2012-9-25 21:54

你好，求教问题：
cytoscape在做基因或蛋白网络时，我看都是别人做好的网络，有些新测序的物种，怎么做啊？

谢谢！

我的回复(2012-9-26 21:52)：我收集到以下三种说法：
1、cytoscape最基本的应用只是对网络进行可视化，但是它有很多可用来分析网络的插件；对于物种没有什么限制，只要有合适的网络就可以导入进行可视化。
2、利用interolog,借助orthoMCL
3、它只是网络的可视化并不能预测新的网络，就是你以特定的格式文件输入，它给你一个可以按照你的要求（比如node节点的颜色代表蛋白质，或是连接线的长短，粗细代表特定的意义（作用力大小等））的网络展示，以便于你对网络分析。还有就是可以从网上下载各种packgae，比如可以做GO的包等。。。

我的回复(2012-9-26 15:11)：我也不知道。想了好久呢……

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刘华