taxonkit lineage |

taxonkit reformat -f "{k}\t{p}\t{c}\t{o}\t{f}\t{g}\t{s}" -F -P |

解释：

-f "{k}\t{p}\t{c}\t{o}\t{f}\t{g}\t{s}" 格式，也可在最后增加strain  "{k}\t{p}\t{c}\t{o}\t{f}\t{g}\t{s}\t{t}"

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-F 用更高等级的血统信息填充缺失的等级

例如：k__Bacteria     p__unclassified Bacteria phylum c__unclassified Bacteria class

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-P 使用前缀（k__，p__，...）

csvtk cut -I -t -f -2 |

解释：

-I（大写i） 忽略非法行（有时没有分类结果，会报错终止。该参数可以防止报错终止）

-t  tab分割

-f -2 只剔除第2列，其他列保留（如果是2，则表示只提取第2列。-表示剔除。）

csvtk add-header -t -n taxid,kindom,phylum,class,order,family,genus,species

解释：

-t  tab分割

-n 增加的列名，并且是CSV格式。（taxid,kindom界,phylum门,class纲,order目,family科,genus属,species种,strain株）