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中国春不同版本基因ID的查询与转换

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发表于 2018-9-13 09:16:31 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近有不少小伙伴询问不同版本基因ID之间转换的问题,希望可以有个对应表之类的,这样搜索基因名字就可以查询。如果有一定的生信基础,一个mapping工具如gmap或magic-blast生成的gff3文件,然后使用gffcompre比较两个gff3文件,就可以得到一个对应关系的文件。根据这个文件就可以查询了。
假如现在有这样一个文件了,你会怎么做?是挨个查询,还是批量查询?如果你会批量操作,那么上面的操作对你来说也不难。如果还是需要挨个基因去查询,那就不需要这个文件,我们网站上就可以查询。
可以在jbrowse上搜索基因的名字即可。搜索支持EST(NCBI登录号CA653384),14年发布的IWGSC_MIPSv2.2(如Traes_5DS_1E2DA15FA.1),IWGSC v1.0和IWGSC v1.1,TGACv1版本的基因ID(TRIAE_CS42_5DS_TGACv1_456750_AA1477470.3),拟南芥基因(AT5G23340),水稻基因(LOC_Os02g17990.2),GO ID(GO:0005515,不过有些太多,可能显示不全),PFAM ID(PF13516)。除了这些还有,90k,660k,820k等 SNP芯片上的探针名字(BobWhite_c55284_78),IWGSCv1.0, IWGSCv1.1,普通的SSR标记和RFLP标记也是支持的,也支持少量的DarT标记。以上都可以搜索得到定位。有了定位,就可以知道对应关系。
如果没有搜索到,那就要进行序列比对了。如果对你很关键的结果,最好要再验证下。
jbrowse的搜索功能以前我们在介绍网站的时候多次强调过或使用过。对于我们前面提过的东西,我们不太想专门提第二次,大家翻翻以前的记录就可以。再者,对那些已经了解的小伙伴来说,这方面的内容已经介绍过了,为啥还要再介绍呢。
这也是为什么我一直强调新来的小伙伴一定要翻看以前内容的主要原因。今天为了解这个网站所花的时间,将来一定会节省数倍的时间。如果你的研究内容要和小麦序列打交道,不管当下是否用得到,最好都要了解下。当然了,其实和小麦有关的网站或内容都可以了解下。
另外,凡是我们公众号上推送的内容都可以与我们交流。我们尽量避免错误,但如果我们的内容有错误,也欢迎指正。不过交流或指正的人其实很少。我们发布的一些教程性质的内容,也很少有就这些交流的。
现在学习其实很方便,现在网上名校的公开课一大推,相关的书籍更是数不胜数。关键就看我们的注意力放在哪里了。现在网上一些收费课程是这样操作的,如果你全程学习完该课程并且完成课后作业,最后学习结束的时候可以返还费用。为啥这样操作?人家肯定不是傻子,这后面是有数据支持的。因为最后坚持下来的人会很少,能达到20%就已经很高了。很多小伙伴也许对抖音不陌生,上面其实也有很多教学内容,天文地理无所不包,只有你想不到的。
现在都在讲信息爆炸,所以你的注意力去哪了?
大家都说我扯得有点多。没办法,胖丫就是喜欢扯。看与不看,听与不听,不会有人强迫。但,如果有人强迫你这样做,那一定是真正关心你的人。
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